依据鄱阳湖总体保护目标,应用生态学原理和方法,按照湖区生态服务功能的重要性、相似性和差异性规律,以及湖区生态系统结构和景观的完整程度,结合湖区社会、经济的发展和保护与恢复生态功能的要求,对湖区自然生态环境进行区域单元的划分.明确了鄱阳湖国家级生态功能保护区的主导功能是:保护鄱阳湖重要调蓄洪功能和维系区域生态平衡的重要功能区.同时依据功能分区的原则,将鄱阳湖按生态功能分为五个区,即鄱阳湖湿地调蓄洪功能区、候鸟生物多样性保护区、白暨豚及江豚生物多样性保护区、渔业保护区、鄱阳湖湿地生态恢复与重建区,确定了鄱阳湖各生态功能区的边界范围,明确了各生态功能区的生态恢复目标和主要任务.
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