本文系统总结了南京农业大学细胞遗传研究所近20年来应用基因组分析方法进行小麦抗白粉病和赤霉病育种的研究进展.主要内容包括首次发现簇毛麦的白粉病抗性并将之导入栽培小麦,培育出一批异附加、代换、易位,缺失系等种南,其中小麦一簇毛麦6VS/6AL易位系(携有抗白粉病新基因Pm21),已成为目前抗白粉病育种中的最有效抗源;将大赖草,鹅观草,纤毛鹅观草抗赤霉病基因导入栽培小麦,培育出一批异附加,代换,易位系,染色体分带,荧光原位杂交,非整倍体分析以及分子标记分析相结合.为异源染色体系的准确鉴定和追踪提供了有力的技术支持.利用MAS结合常规育种培育出一批抗白粉病基因聚合品系,所涉及抗白粉病基因为Pn2、 Pm4a、Pm6、Pm21.