基于频繁模式的蛋白质序列分类

黄金 ¹黑龙江大学计算机科学技术学院 ²张兆功 ³李建中³

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作者信息

1. 东北农业大学工程学院，哈尔滨150030
2. 哈尔滨150080
3. 黑龙江大学计算机科学技术学院，哈尔滨150080
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摘要

蛋白质序列的分类是预测新蛋白质序列的结构和功能的重要方法。已有的方法主要基于序列比对或概率后缀树。本文设计了一种基于频繁模式的蛋白质序列分类算法 CFS。我们使用每类数据独有的频繁模式代表该类，然后应用各类的频繁模式对测试数据进行分类。实验结果表明 CFS 方法在分类精确度方面优于目前公认最好的基于概率后缀树 PST 方法，而且在CFS 方法中每一类数据都是通过该类独有的频繁模式作为类代表，这样使得分类更直观，更易于理解，而且更具有生物信息学意义。

关键词

频繁模式/蛋白质序列/分类

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主办单位

中国计算机学会/华中科技大学

会议名称

2005中国计算机大会

会议时间

2005-10-13

会议地点

武汉

会议母体文献

2005中国计算机大会论文集

出版时间

2005

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