立足物理-事理-人理系统方法论,针对复杂城市科学研究需要,在综述相关研究文献的基础上,提出了一个完整的具有方法论性质的研究框架,并把它命名为"城市系统工程",包括城市整体作为研究对象,城市系统、城市逻辑和城市制度作为研究角度,演化、控制与博弈作为研究方法,核心是研究角度与对应的研究方法.在"城市系统工程"的框架中,主要采用多主体仿真、系统评价与预警、博弈与制度分析等手段,依次探讨城市自组织、城市管理、城市和谐三个主题,预期的研究结论将深化对城市空间演化、城市管理优化、城市制度善化的理解和认识,从而为和谐城市的塑造提供有效的决策支持.