根瘤菌的分类是个动态过程.自从Frank第一次描述根瘤菌属(Rhzibobium)以来，已经在在这属中不断的加入了新的种类，并对一些种类进行了修改。目前，根瘤菌被认为分布在α-变形菌纲和β-变形菌纲，共计70多种.有越来越多的根瘤菌并非分离自豆科根瘤，如:Rhizobiumselenitireducens和Rhizobium daejeonense分离自生物反应器(Hunter et al.，2007;Quan etal.，2005)，Rhizobium cellulosilyticum分离自白杨锯屑(Garc’a-Fraile etal.，2007)，Rhizobium oryzae分离自野生稻根际〔Peng et al.2008)Rhizobium alamii的一些菌株分离自向日葵的根际(Berge et al.2009)。
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