目前,生物柴油主要是以植物和动物脂肪酸为原料来生产的,而不是微藻。在美国,生物柴油主要以大豆为原料,其他来源包括棕榈油、菜籽油、动物脂肪酸、玉米油、废食用油和麻疯树油。一些东南亚国家则以一些热带植物的种子为原料,如棕榈等,废弃食用油是日本的主要生物柴油制取原料。近年来,我国也加大了发展生物柴油产业的力度,介于生物柴油生产的标准化和规范化由石油化工科学研究院等单位起草的我国第一项生物柴油国家标准,已由国家质监总局批准自2007年5月1日起实施,该生物柴油国家标准主要涉及B100生物柴油(生物柴油含量100%)的成分、含量、润滑性能、烷值等方面的详细规范,共包括17项技术要求。