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拟穴青蟹线粒体COI基因序列克隆及SNPs位点筛选
马群群 1马洪雨 2马凌波 2马春艳 2崔海玉1
作者信息
- 1. 中国水产科学研究院东海水产研究所农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室,上海 200090 上海海洋大学水产与生命学院,上海201306
- 2. 中国水产科学研究院东海水产研究所农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室,上海 200090
- 折叠
摘要
本研究根据拟穴青蟹(Scyllaparamamosain)线粒体全序列设计引物，采用PCR产物双向测序法，克隆了线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因部分序列(765bp)，并筛选、分析了拟穴青蟹的SNPs位点。共分析了18个采自福建省宁德市的拟穴青蟹个体，另外，从GenBank数据库中下载了33条前人提交的拟穴青蟹COI基因序列(长度在425bp-539bp之间).利用MEGA 4.0生物学软件对所有序列进行分析，结果表明T、C、A和G的平均含量分别为37.8％、17.9％、28.7％和15.6％，G+C的含量平均为33.5％。比对结果表明，在所克降的765bp长的COI基因序列中共筛选到39个SNPs位点，SNPs位点出现频率为5.1％。在这39个SNPs位点中，19个为C/T转换(占48.7％)，14个为A/G转换(占35.9％)，2个为A/C颠换(占5.13％)，2个为A/T颠换(占5.13％)，1个为G/C颠换(占2.56％)，另有一个位点(213bp处)，发生了A/C颠换、G/C颠换和C/T转换三种类型的碱基替换，未发现插入和缺失突变。由于GenBank中的COI序列比本研究所获得的序列短，因此，在39个SNPs位点中，有31个位点出现在所有序列中,而另外8个位点仅出现在本研究所获得的序列中。氨基酸分析表明,在39个SNPs位点中，有12个位点属于非同义突变,引起了氨基酸的变化;其他27个位点属于同义突变，未引起氨基酸的变化。本研究将为拟穴青蟹遗传背景和群体遗传多样性研究提供新的分子标记。
关键词
拟穴青蟹/COI基因/聚合酶链式反应/序列克隆/群体遗传多样性/PCR双向测序引用本文复制引用
主办单位
中国科协/中国水产学会会议名称
第十二届中国科协年会第21分会场——生物技术与水产健康养殖研讨会、中国水产学会水产生物技术专业委员会2010年年会暨水产生物基因组研讨会会议时间
2010-11-01会议地点
福州会议母体文献
第十二届中国科协年会第21分会场——生物技术与水产健康养殖研讨会、中国水产学会水产生物技术专业委员会2010年年会暨水产生物基因组研讨会论文集页码
185-194出版时间
2010