常规海水细菌主要鉴定方法的比较与分析

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中文摘要：为了寻找更加准确、简便、快捷的细菌鉴定方法,本文同时采用16SrRNA序列分析法、细菌脂肪酸气相色谱法、ATB微生物鉴定系统、Biolog微生物自动鉴定系统4种方法对16株常规海水细菌进行鉴定.结果显示:应用16SrRNA基因序列分析法鉴定16株优势菌与已知菌的同源性均在99％以上,其中14株达到100％,62.5％的菌株最大序列相似性达到100％,16株菌可鉴定率为100％.全细胞脂肪酸气相色谱分析的结果显示菌株均能被鉴定到属水平,鉴定到属的准确率达到93.75％,其中有12株菌能鉴定到种水平,鉴定准确率为68.75％.ATB微生物自动鉴定系统对16株海水菌可鉴定率为100％,但鉴定概率和相似程度不同,当％ID＞99.9且T＞0.75有极好鉴定结果(3/16),％ID＞0.95且T＞0.5时有非常好的鉴定结果(7/16),％ID＞0.9且T＞0.25时有好的鉴定结果(4/17),％ID＞0.80且T＞0可疑的生化图谱(2/16),而当％ID＜0.80不可接受的生化图谱(0/16)之分.Biolog微生物自动分析系统鉴定的结果显示:16株菌的鉴定结果SIM值(显示ID与数据库中的种之间的匹配程度)均大于0.5,且除了菌株1002外,其余15株海水菌均鉴定到种水平,鉴定准确率93.75％,并且可能性(PROB)和相似度(SIM)都很高.16SrRNA序列分析和细菌脂肪酸气相色谱法比ATB法和Biolog法鉴定步骤简单,且鉴定成本低；ATB法和Biolog法鉴定到种的准确率远高于16SrRNA序列分析和细菌脂肪酸气相色谱法.在具体的实践中可根据实验要求和设备条件选择合适的细菌鉴定方法,也可以将不同的方法结合起来得到更加准确的鉴定结果.

作者：

孙艳、李桂英、宋晓玲、麦康森

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作者单位：

中国海洋大学海水养殖教育部重点实验室,青岛266003

中国水产科学研究院黄海水产研究所,青岛266071

关键词：

海水细菌鉴定方法生化指标效果评估

主办单位：

中国高科技产业化研究会

会议名称：

第二届全国微生态制剂研究开发与综合应用新技术、新设备交流研讨会

会议时间：

2011-04-22

会议地点：

杭州

会议母体文献：

第二届全国微生态制剂研究开发与综合应用新技术、新设备交流研讨会论文集

页码：

出版时间：

2011