基于塔里木马鹿线粒体控制区序列对3个种群的控制区结构和遗传多样性进行了研究。从Tajima's D和Fu and Li's D值的估算结果来看,塔里木马鹿尉犁和沙雅种群相对于中性进化的歧异度并没有明显的偏离(P>0.1),且末种群则出现了明显的偏离(分别为P<0.05和P<0.02),这预示着3个塔里木马鹿种群间可能存在一定的平衡选择。分子变异分析表明,沙雅和尉犁种群间基因流Nm大于4,说明这2个塔里木马鹿种群间存在着非常丰富的基因流,且末种群分别与沙雅、尉犁种群间基因流Nm均小于1,而且且末种群分别与沙雅和尉犁种群产生了明显的遗传分化(Fst分别为0.409;0.718,P值均小于0.001),以及3个塔里木马鹿种群单倍型间的序列差异为0.012,这都显示了3个塔里木马鹿种群的单倍型间已经出现了明显分化。结合系统发生关系分析,认为应将沙雅种群和尉犁种群联合建立管理单元进行重点保护。