本研究通过分析5个棕果蝠地理种群(云南勐仑、广西武鸣、广东茂名、海南海口以及印度)29个样品的1100 bp线粒体DNA cytb序列,共发现52个变异位点,并定义了26种单倍型,群体总的核苷酸多样性为0.00728,单倍型多样性为0.990.AMOVA分析表明,中国棕果蝠种群间没有出现显著的遗传分化(φst=-0.0363,P>0.05),大陆种群和印度种群之间也没有显著的遗传分化(φst=0.0164,P>0.05).本研究所构建的系统发育树并未显示出推定的5个地理单元,且各种群之间基因流比较频繁.这与前期的微卫星分析结果有一些差别,推测可能是由于线粒体cytb基因在棕果蝠种群进化过程中相对比较保守;还可能与用于线粒体分析的每个种群的样本量偏少有关.最后还发现,棕果蝠种群经历了明显种群增长和扩张过程,这与没有形成显著的种群结构也有一定的联系.