生物基因测序高性能计算日志的任务分析及建模

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中文摘要：生物基因测序是生物信息学分析中最常用的高性能计算任务本文旨在通过分析生物基因测序日志找出生物基因测序日志中的任务特性,构建一种通用的适合分析生物基因测序的任务模型,并应用于面向基因测序的高性能计算系统的任务调度及性能优化基于任务日志,本文主要分析了生物基因测序日志中任务到达时间的规律特性,任务运行时间和任务的并行尺寸等特性,通过这些任务特性利用指数分布,伽马分布,正态分布以及线性拟合构建了相应的局部任务模型,然后提出一种局部模型融合的方法一寻各个局部模型合并为统一的任务模型通过两种通用的模型评测方法对任务模型进行的评测结果显示最终的任务模型同原有任务日志在四种任务属性的趋于相同的分布,验证了本文构建的任务模型具有很好的通用性.

作者：

CAO Zhi-Bo、曹志波、DONG Shou-Bin、董守斌、WANG Bing-Qiang、王丙强

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作者单位：

Communication and Computer Network Lab School of Computer Science and Engineering South China University of Technology,Guangzhou Guangdong 510641,China

华南理工大学计算机科学与工程学院通信与网络重点实验室,广东广州510641

BGI Shenzhen,Guangzhou Shenzhen 518083,China

深圳华大基因研究院,广东深圳 518083

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关键词：

生物基因测序计算日志任务模型性能优化

主办单位：

中国计算机学会

会议名称：

2013全国高性能计算学术年会

会议时间：

2013-10-29

会议地点：

桂林

会议母体文献：

2013全国高性能计算学术年会论文集

页码：

145-154

出版时间：

2013