坛紫菜在中国的南部是一种重要的经济作物,并且是基因组研究的模式植物.以前在实验中已经发现在紫菜中存在高比例的质体和线粒体DNA含量.细胞器基因组拷贝数非常高是一个令人费解的事实.由于细胞器的DNA的高拷贝数和其他次生代谢产物的大量存在,获得高品质和高分子量的核DNA成为基因组研究领域的一个瓶颈.在本研究中,发现了一种可以降低质体和线粒体DNA的污染的方法.通过qPCR技术和质粒文库的构建,均可以证明处理方法的显著性.把CTAB法提取的细胞总DNA和利用细胞核分离方法获得的核DNA相比,通过核分离的方法可以减少质体和线粒体的污染.从qPCR的结果来看,CTAB法分离得到的质体∶线粒体∶核的拷贝数是325∶190∶1,细胞核分离的方法分离得到的质体∶线粒体∶核的拷贝数是244∶134∶1,从质粒文库的测序结果来看,细胞核的含量从32％提高到了71％.坛紫菜叶片经过黑暗和抗生素的处理,质体∶线粒体∶核的比例是134∶217∶1,核DNA占了总DNA的88％,本研究的目的是为了探索一种有效的方法来获得高质量的核DNA.高质量的核DNA的制备,不仅可以促进坛紫菜基因相关的工作,但也可以大大减少测序的成本,并提高测序精确度.
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