窖泥在白酒发酵中有着极其重要的作用。窖泥是产生白酒中香味物质的功能菌的生长繁殖载体，白酒中的呈香呈味物质的生成主要与窖泥有关，窖泥微生态中的微生物多样性极为复杂。不同窖泥中的微生物种群随窖泥生产利用年份和环境不同而呈现丰富的多样性，这种多样性同样也影响着发酵产品白酒的风格质量，可作为窖泥质量的一个重要指标。用三对引物对剑南春酒厂不同年份窖龄窖池的窖底泥的古菌菌群群落结构进行PCR-DGGE分析.PCR-DGGE结果表明,窖底泥中古菌菌群随着窖池年份的增加而丰富性增加,窖底泥中的古菌菌群主要是未培养的嗜热类古菌,且都是甲烷生产者.另外通过三对引物结果的对比分析得出,在用DGGE研究窖泥古菌菌群时在16S rDNA V3-V4区的研究具有较好的效果.
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