本研究以平卧菊三七24个地理种群植物为材料,用ITS序列和trnL-trnF序列研究了不同种群间的遗传多样性.结果表明:ITS序列对位后长度为718bp,其中包括5个变异位点,3个简约信息位点,G+C含量为49.8%;trnL-trnF序列对位后长度为835bp,其中包括6个变异位点,3个简约信息位点,G+C含量为35.0%.在基于trnL-trnF序列构建的系统发育树中,平卧菊三七不同地理种群序列能够单系分支,相对于ITS序列具有更强的鉴别能力.ITS和trnL-trnF序列构建的系统发育树均显示,采集地为台湾和印度尼西亚的种群聚为一支,采集地为贵州、广西、福建和广东的种群在系统发育树上的亲缘关系较近,这与平卧菊三七的地理分布格局具有一致性.