本研究利用CodonW程序分析了24个二倍体(A,D基因组)和5个四倍体(AD基因组)棉花基因组中蛋白质编码DNA序列的同义密码子使用偏差.结果表明,15个棉花品种具有相似的密码子碱基组成,在第三密码子位置比嘧啶(A和G)具有更多的嘧啶(T和C).相对同义密码子使用分析(RSCU)发现15个棉花品种之间存在显著同时高度的密码子使用偏倚.在28个棉花品种中普遍使用十个高频密码子.Nc-plot分析表明,RSCU与突变和选择有关,选择在其中起主导作用.对29个棉花品种同义密码子使用偏误的分析,对于提高新基因预测的准确性、设计退化引物具有重要的理论和实践意义.
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