本研究利用AFLP分子标记技术研究来自广东、福建、台湾、四川、云南的66份建兰种质遗传多样性与亲缘关系,试验中利用6对PstⅠ/MseⅠ引物成功扩增1078条带,其中多态性带数为693条.每对引物组合扩增条带数为168~190条,平均多态性带数为115.50,平均总条带数为179.70,平均多态带比例为64.29%.种间遗传相似系数在0.77~0.96,平均遗传相似系数为0.87.当遗传系数为0.87时,供试66份建兰种质可以划分为6个类群.研究结果表明66份建兰种质具有丰富的遗传多态性,以及AFLP分子标记技术在建兰种质遗传多样性和亲缘关系研究中具有高效性.