桑椹转录组SNP/Indel位点的挖掘及其功能注释

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中文摘要：单核苷酸多态性(SNP)/插入缺失(Indel)作为基因组中最丰富的变异位点,已成为农作物中最重要的辅助育种标记.桑椹是一种营养价值较高的水果,目前果桑品种选育方法仍然以传统育种方法为主,缺乏足够的SNP/Indel标记.本研究对3个时期"安葚"果实进行转录组测序,鉴定并分析桑椹转录组序列中SNP/Indel位点的特征,将含有SNP/Indel位点的Unigene通过GO、KOG/COG、KEGG三个数据库进行比对.结果表明:转换类型为SNP的主要类型.绿果期与黑果期转换类型中以A/G型最多,颠换类型中以A/T型最多.红果期转换类型以C/T型最多,颠换类型中以A/T型最多.Indel片段的长度以1bp、2bp、3bp为主,大于10bp的缺失突变数量远大于插入突变数量.分别有28345、6299、5737条序列的功能在GO、KOG/COG、KEGG三个数据库得到注释.从KEGG注释结果中筛选出122个与花青素、黄酮类合成相关的含有SNP/Indel标记基因.果桑SNP/Indel标记数据库将在品种的选育、鉴定方面展现良好的应用前景.

作者：

XIE Yan、谢岩、MA Baojun、马宝俊、WANG Hui、王晖、GAO Yanxia、高妍夏、GAO Yujun、高玉军、LI Jisheng、李季生、WANG Binbin、王彬彬

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作者单位：

承德医学院蚕业研究所,河北省高校特产蚕桑应用技术研发中心,承德 067000

关键词：

桑椹品种选育转录组测序单核苷酸多态性功能注释

主办单位：

山东蚕学会

会议名称：

北方蚕业科研协作区第三十一届学术年会

会议时间：

2019-10-16

会议地点：

山东烟台

会议母体文献：

北方蚕业科研协作区第三十一届学术年会论文集

页码：

403-412

出版时间：

2019