目的:用基因芯片技术筛选人肝癌细胞中与低氧处理相关的基因. 方法:采用Affymetrix公司的Gene Chip Clariom S Array芯片,对低氧诱导和常氧处理的两株人肝癌细胞基因表达谱进行检测,并使用生物信息学分析方法对结果进行分析. 结果:在人肝癌Huh-7细胞中,急性低氧处理与常氧处理相比,差异表达≥1.5倍且FDR＜0.05的基因共计392个,其中表达上调的基因266个,表达下调的基因126个.使用Go数据库分析发现这些差异基因主要是与小分子代谢、有机物生物合成、细胞应激反应相关的基因.KEGG代谢途径分析表明,差异基因主要富集在糖酵解糖异生、MAPK、细胞周期、癌症相关信号通路上.而在Hep3B人肝癌细胞中,与常氧处理相比,低氧诱导差异表达≥1.5倍且FDR＜0.05的基因共计2260个,其中表达上调的基因847个,表达下调的基因1413个.Go分析发现这些差异基因主要与小分子代谢、磷酸化代谢、细胞生长与凋亡等相关,这一结果与Huh-7细胞的Go分析结果一致.KEGG代谢途径分析表明,差异基因主要富集在细胞周期、神经退行性疾病、细胞凋亡以及磷酸化调控相关信号通路上.两株细胞系相同的差异表达基因共177个,上调127个,下调的50个.其中表达上调最明显的三个基因TXNIP、ATF3、SLC6A8均与肝癌发生相关. 结论:本研究完成了对低氧诱导两株人肝癌细胞系Huh-7和Hep3B的测序工作,同时筛选了一批肝癌中与低氧相关的差异表达基因,低氧诱导表达量增高的基因可能与肝癌发生相关.
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