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应用Illumina高通量测序技术分析圈养成年滇金丝猴肠道菌群的多样性

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目的:基于高通量测序技术分析成年圈养滇金丝猴肠道细菌群落的组成和多样性,探讨肠道菌群与滇金丝猴的食性关系,揭示其肠道微生态特征. 方法:分别提取5只成年滇金丝猴(R1-R5)粪便DNA,进行16S rRNA 基因V3-V4区PCR 扩增,采用Illumina MiSeq高通量测序分析其肠道中细菌的组成和多样性并预测相关基因的功能. 结果:在门水平上,R1-R4滇金丝猴的主要菌群有硬壁菌门(Firmicutes,78.41%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,18.97%),R5滇金丝猴肠道菌群中螺旋体门(Spirochaetes,6.17%)和变形菌门(Proteobacteria,4.09%)的含量显著高于R1-R4滇金丝猴(Spirochaetes0.14%;Proteobacteria1.32%)的平均含量;在属水平上,R1-R4滇金丝猴主要菌群有瘤胃球菌属(Ruminococcus,8.58%)、未分类的毛螺菌科(unidentified_Lachnospiraceae,7.20%)成员、普氏菌属(Prevotella,4.74%)、拟杆菌属(Bacteroides,3.29%)、罗氏菌属(Roseburia,3.26%),R5滇金丝猴肠道菌群中梭菌属(Clostridum,10.19%)、厌氧原体属(Anaeroplasma,3.09%)、琥珀酸弧菌属(Succinivibrio,3.06%)显著高于R1-R4滇金丝猴(Clostridum0.93%;Anaeroplasma0.07%; Succinivibrio0.03%)的平均含量,而未分类的毛螺菌科(unidentified_Lachnospiraceae,1.23%)成员显著低于R1-R4滇金丝猴的平均含量. 结论:应用高通量测序技术,第一次较全面的获得了成年圈养滇金丝猴肠道菌群的结构与所占比例,为滇金丝猴人工饲养过程中的疾病防治和饲料配方提供了数据参考.

JIN Jie、金洁、ZHANG Fei-yang、张飞燕、XIE Li-fen、谢丽分、LIU Chao、刘超、ZHANG Qing-yu、张庆宇、WU Ji-wen、邬继文、LV Long-bao、吕龙宝

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中国科学院昆明动物研究所,云南昆明650000

中国科学院昆明灵长类研究中心,云南昆明650223

滇金丝猴 人工圈养 食性特征 肠道菌群

中国实验动物学会

第十五届中国实验动物学会科学年会

2019-09-21

昆明

第十五届中国实验动物学会科学年会论文集

555-566

2019