白掌是天南星科(Aracea)白鹤芋属(Spathiphyllum)多年生草本植物,具有重要经济价值和观赏价值.本研究利用白掌叶片转录组测序数据,挖掘其SSR和SNP分子标记.利用MISA软件对长度1kb以上的uni-genes做SSR分析,鉴定出11571个SSR位点,分布于8358条unigenes序列中,SSR发生频率为40.4％,出现频率为55.9％.使用Samtools和GATK检测了白掌100970条unigenes,发现29834条unigenes中含有157209个SNP位点,平均每条unigene含5.27个SNP位点.在SNP-unigenes中,转换占62.81％,颠换占37.19％.转换中A/G以及C/T之间的转换是最主要的形式,分别占31.57％和31.24％.对SNP-unigenes序列进行 GO、COG 和 KEGG 注释发现:GO 注释到7107条 SNP-unigenes;COG 注释到3915条 SNP-unigenes;KEGG注释到2387条SNP-unigenes.这些SNP-unigenes涉及许多重要的生物功能和代谢途径.这些信息可为白掌SNP和SSR标记的开发以及相关基因组研究提供指导.
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