摘要
本研究基于MinION建立了宏基因组纳米孔测序(m-NanoS)方法,并成功用于基孔肯雅病毒(CHIKV)和辛德毕斯病毒(SINV)模拟临床样本的检测.将CHIKV和SINV培养物与发热病人咽拭子混合,灭活后提取核酸用于构建m-NanoS文库.MinION共产生了25,147条reads,平均质量得分为10.20,平均读长为1,334bp.来自CHIKV和SINV的reads分别有47条和1,371条,占总数据量的0.19％和5.45％.CHIKV和SINV的基因组覆盖度分别为99.45％和99.34％,经过拼接获得一致性序列,与参考序列比对的一致性分别为95％和90％.在公共卫生领域,快速地对样本中潜在的全部病原体进行准确鉴定是一个重要又困难的工作,而m-NanoS方法的成功建立无疑为该工作提供了一个有力的诊断工具.
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