PDB样板库的构建和Yeast基因组编码区特征参数的研究

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中文摘要：按照分辨率较高、同一性较低的标准,从PDB库中选取高质量的蛋白质空间结构数据,构建了精度高于2.5A、序列同一性低于25%的样板数据库SLCTBASE,其中有效残基数近19万.在构建库过程中,对PDB原始数据文件进行了详细检验,发现基中包含有错误及可疑数据.该文还统计了SLCTBASE中主链键长、CA-CA距离、二面角的分布情况.并且提出了建库标准:以分辨率为主要选择依据的基础上,采取综合打分的方法,全面地衡量一个序列质量的高低.引入同一性因子S,找到了序列的同一性S和序列同源性V的关系,从而在判别序列之间同源程度时由序列的同一性因子S取代序列同源性参数V.通过对蛋白质空间结构样板库SLCTBASE中包含顺式脯氨酸的序列进行统计分析,发现了顺式肽键脯氨酸与其序列周围氨基酸存在较强的关联.根据单个氨基酸与构象的关联信息,构造了含脯氨酸离列的顺式构象势函数,利用这个构象势可将顺式脯氨酸信噪比由5.4%提高到至30%以上.

作者：

张颖

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关键词：

蛋白质空间结构同一性因子顺式肽键脯氨酸统计关联 Yeast基因组碱基成分偏移正相关

授予学位：

硕士

学科专业：

生物物理

导师：

李炜疆、李宏

学位年度：

2001

学位授予单位：

内蒙古大学

语种：

中文

中图分类号：