摘要
该文建立了一个基于蛋白质-短肽界面堆积紧密度的多超点蒙特卡罗优化方法,该方法从多个超始构象出发,利用蛋白质-短肽复合物的回旋半径Rg作为微量界面堆紧密程度和几何匹配质量的参数,在优化过程中引入一个与Rg有关的构象接受概率,使整个优化过程倾向于具有较好的界面堆积和几何区域的配基构象空间内进行,既提高了计算效率,同时又避免了使搜索陷入局部势阱的可能性的发生.该方法被用于五个蛋白质-短肽体系的刚性和柔性对接计算中.计算中采用的能量模型综合了AMBER力场能,MIMEL静电能和WZS溶剂化能,较好地描述了蛋白质和配基之间的相互作用.该文还对用Rg表征界面堆积紧密度和几何匹配质量的有效性及各种相互作用能在分子识别中的贡献进行了分析和评价.
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