摘要
我们新采用Pool PCR(多引物多模板PCR)的方法鉴定位于水稻四号染色体上的特异性克隆.和传统的杂交筛库的方法相比,Pool PCR的方法具有高效率、高敏感性、高特异性和可重用性.创新之处还在于我们对引物对的合理分组以及一个精心设计的PCR条件.后来我们设计的PMT软件套进一步发展了这种创新之处.继而我们投入了水稻四号染色体的大规模测序工作.此后,我们充分地利用了因特网上的各种生物信息学工具和多种序列资源对水稻的四号染色体序列进行了精细的基因注解.为了改善PCR,尤其是多引物PCR的结果,我们编写了一个包括三个应用软件的软件套——PMT.PMT整合了目前几乎所有的引物设计原则,并且用到最新的最近邻居模型(Nearest neighbor model).我们还进行了一系列的PCR实验,这些实验证明PMT能够设计高质量的引物,并且能够改善多引物对PCR的实验结果.和其它引物设计软件相比,PMT的创新性和优越性表现在它的健壮性、友好性和高效性;它对现有引物设计原则的全面考虑,MPE的多引物组的评价功能和基于实验的最佳退火温度的计算公式.
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