杉木茎段皮层基因表达分析

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中文摘要：利用差异显示法(DDRT-PCR)研究杉木的2个自然变异类型(旬容0号及独干杉)皮层(包含周皮、韧皮部、形成层及初生木质部)基因表达差异，共获得29个差异片段，测序后进行Blast比对分析。结果表明： 1)Blastn比对(分值＞60)分析表明共有9个片段在GeneBank中找到了相似的功能。分别与核糖体蛋白基因、信号传导功能、泛素蛋白基因、抗性功能、组氨酸磷酸转移蛋白、细胞发生功能及能量代谢相关。 2)Blastx比对分析有12个序列可进行功能推测。其中7个片段和细菌、动物的功能相似，涉及膜结构、细胞因子、代谢过程中酶的活性及一些未知蛋白。 3)还有8个差异片段在数据库中未发现匹配信息。对句容0号杉茎段皮层cDNA文库随机测序。分析表明有效EST序列1，119条，聚类分析和拼接后获得354个UniGenes。Unigene比对结果表明： 1)高度相似和中度相似的序列分别为58个和70个，低度相似和无匹配序列合计达63.8％。 2)可以推测基因功能的高丰度、中丰度及低丰度表达序列分别为5条、25条和98条。 3)基因功能：功能注释中表达的基因主要有：一类参与光合作用相关的相关基因，包括多种光合系统的组分、叶绿体a/b结合蛋白、氧捕获增强蛋白和能量传递等；另一类是与受外界胁迫表达的抗逆性相关基因。除此，表达频率较高的ARP(Auxin-RepressedProtein)可能与杉木分枝及茎的伸长有关。

作者：

洑香香

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关键词：

杉木 cDNA文库生物信息学茎段皮层基因表达

授予学位：

博士

学科专业：

林木遗传育种

导师：

施季森

学位年度：

2006

学位授予单位：

南京林业大学

语种：

中文

中图分类号：