陆地棉(GossypiumhirsutumL．)是世界重要纤维作物，构建一张永久高密度的遗传连锁图谱对推动棉花遗传育种工作发展具有重大意义。DNA标记的发展表明，生物技术与常规育种相结合将为作物性状改良提供新的途径。通过分子标记辅助育种技术，可以从分子水平上选择目标基因，实现对目标性状的改良。寻找与目标数量性状基因座(QTL)紧密连锁的分子标记的基础是构建遗传图谱。陆地棉与海岛棉种间杂交的遗传图谱己趋于饱和，但构建的陆地棉种内图谱基因组覆盖率和标记密度却很低，应用于实际尚有一定困难。基于此，本研究采用2个多态性高的陆地棉亲本(渝棉1号、T586)，建立了包括270个株系的F2：7重组近交系群体，应用SSR、SRAP、IT-ISJ(IntronTargetedIntron-exonSpliceJunction)。标记及形态学标记构建遗传图谱，并对纤维品质性状QTL进行定位，为陆地棉遗传图谱比较和纤维品质标记辅助选择提供理论依据。主要研究结果如下：1．亲本及F2：7群体的纤维品质性状表现2004年重庆、2005年重庆、2005年海南、2006年重庆、2007年重庆五个环境下，在不同环境下两亲本的差异均较大。除纤维伸长率外，渝棉1号各性状指标均明显高于T586。除2007年重庆的纤维伸长率存在超低亲表现之外，其他性状在不同环境下均没有发现超亲表现趋势，各性状分布介于双亲之间。五个环境下纤维品质性状均呈连续分布，表现多基因控制遗传特点。五个环境纤维品质性状的基因型方差与环境方差均达极显著差异，表明纤维品质性状除受基因型控制外，同时还受环境的影响。2．多态性引物分析利用2917对棉花SSR引物、384对SRAP引物及740对IT-ISJ引物，共计4041对引物对渝棉1号和T586进行多态性筛选。其中236对引物在两亲本间具有多态性，多态性引物比例占5．84％，包括160对SSR引物，27对SRAP引物和49对IT-ISJ引物。SSR引物平均多态性为5．49％，SRAP引物平均多态性为7．03％，IT-ISJ引物平均多态性为6．62％。不同引物类型间的多态性比例相差较大。3．重组近交系群体标记基因型检测利用筛选两亲本获得的236对多态性引物，对F2：7重组近交系群体270个株系进行基因型检测，共获得253个标记位点。SSR引物获得位点165个，SRAP引物获得位点29个，IT-ISJ引物获得位点59个。加上实验室以前获得的365个位点，合计位点数目618个。618个位点中有197个偏离1：1的孟德尔分离比例，占标记位点的31．88％。多数偏分离位点表现较轻微的偏离孟德尔分离比例(χ2＜10)，只有46个标记表现出严重的偏离孟德尔分离比例(χ2＞10)，占标记位点的7．44％。其中形态标记1个，占形态标记的12．50％。SSR标记35个，占SSR标记的6．70％。SRAP标记3个，占SRAP标记的10．34％，IT-ISJ标记7个，占IT-ISJ标记的11．86％。4．陆地棉遗传连锁图谱对618个标记位点进行遗传连锁分析，构建的遗传连锁图包括604个位点(509个SSR标记、29个SRAP标记、58个IT-ISJ标记和8个形态标记)和57个连锁群。该遗传连锁图谱长3106．9cM，覆盖了除第4染色体外棉花基因组的所有26条染色体，约占棉花基因组的69．87％，标记间的平均距离为5．15cM。该图谱是目前国内外标记数目最多、基因组覆盖最广的陆地棉种内遗传连锁图谱。5．纤维品质性状QTL定位利用构建的遗传连锁图谱，以及2004年重庆、2005年重庆、2005年海南、2006年重庆、2007年重庆五个环境纤维品质性状检测结果，采用OTL定位软件MapQTL5．0，选择区间作图法，以LOD=2．0，对纤维品质性状进行全基因组QTL扫描，检测到35个纤维品质性状(QTL，包括7个长度QTL，7个整齐度QTL，7个马克隆值QTL，4个伸长率QTL和10个比强度QTL。每个QTL解释的变异范围在4．1％～41．5％。35个QTL中，22个分布于A染色体组，13个分布于D染色体组。纤维长度OTL(FL1、FL4)，纤维整齐度QTL(FU1、FU3)，纤维马克隆值QTL(FF2)在五个环境下均能检测到，且集中分布在Ch6与Ch7上。就纤维品质性状而言，渝棉1号的加性效应较T586明显，提供的有利基因较多。
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