摘要
牙鲆（Paralichthys olivaceus），属鲽形目（Pleuronectiformes）、鲽亚目(Pleuronectoidei)、鲆科(Bothidae)、牙鲆属(Paralichthys)，是一种重要经济鱼类（见图2），主要分布于我国黄海、南海、渤海以及朝鲜、俄罗斯和日本远东沿岸海区。因为牙鲆具有较高的经济价值，且其自然资源正在渐渐衰竭，所以牙鲆养殖业迅猛地发展起来，在近十年己逐步成为我国重要的养殖经济鱼类品种之一。但是，随着牙鲆养殖业的快速发展，养殖的高密度集约化使牙鲆的死亡率大大提高，且生长率反而大大下降，使牙鲆养殖业遭到了巨大的经济损失。当前，针对牙鲆的优质品系培育及建立养殖家系的工作虽已开展，但为达到高效且快速的获取优质苗种的目的，进行优良数量性状相关基因位点定位来辅助育种工作是必须的。然而由于目前缺少高密度、通用性好的牙鲆遗传连锁图谱，无法进行QTL定位工作，导致牙鲆的遗传育种工作也受到很大程度的限制，因此构建具有一定密度的牙鲆遗传连锁图谱是目前开展牙鲆分子标记辅助育种和遗传育种等工作的基础。 本研究主要包括两部分内容： 第一部分是采用FIASCO法，构建了牙鲆部分基因组DNA微卫星富集文库。最后通过测序获得了191条包含微卫星的序列，其中完美型占74.70%、非完美型占14.71%、混合型占10.59%。实验中通过双酶切的方法将传统的FIASCO法进行了优化，使其具有了效率高、消耗低等优点，使这种方法成为从鱼类基因组DNA中大量筛选微卫星序列的最好方法。 第二部分是应用微卫星分子标记进行牙鲆遗传连锁图谱的构建，本实验使用第一部分开发所获得的一部分微卫星序列，以及采用基因组测序的方法，筛选出的微卫星序列，共5000条，从中挑选1000条序列设计并合成引物，利用黄海所陈松林研究员的实验室于2009年建立的第10号家系作为作图群体，构建了牙鲆SSR标记遗传连锁图谱。整合图谱由24个连锁群组成，共定位了SSR标记256个，图谱总长度为1465.3cm，标记间平均距离为5.7cm。每个连锁群长度在13.7～106.6cm之间变动，连锁群上的标记数在3～26个之间变动。各连锁群上的SSR标记并非均匀分布的，其中1、3和4号连锁群存在标记密集区。 雄性连锁图谱共定位203个SSR标记，在24个连锁群中分布，LOD值≥3.0。定位于各个连锁群上的标记数目最少为3个，最多为23个，每个连锁群标记数平均为8.46个，雄性连锁图谱长度为13.6cm-113.6cm不等，平均间隔(s)为7.12cm，相邻标记间最大间隔为31.3cm。图谱预期长度(Ge)（基因组的预期大小）为1666.52cm，观测总长度(Goa)为1274.1cm，雄性图谱的基因组覆盖率(Coa)为76.45%。 雌性连锁图谱共定位217个SSR标记，在24个连锁群中分布，LOD值≥3.0。定位于各个连锁群上的标记数目最少为3个，最多为22个，每个连锁群标记数平均为9.04个，雌性连锁图谱长度为9.3cm-141.8cm不等，平均间隔(s)为6.50cm，相邻标记间最大间隔为42cm。图谱预期长度(Ge)（基因组的预期大小）为1598.15cm，观测总长度(Goa)为1254.7cm，，雌性图谱的基因组覆盖率(Coa)为78.51%。 该图谱为国内第一张纯粹只使用SSR标记进行建图牙鲆遗传连锁图谱，能够用于该物种不同群体比较分析、能够进行初步的分析QTL定位和基因定位相关研究，可在一定程度上指导遗传育种工作，且为进一步进行中、高密度遗传连锁图谱的构建奠定了基础。
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