一组新的桉树EST-SSR标记开发及遗传图谱的整合

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中文摘要：目前桉属中EST-SSR标记还比较少，本研究利用从GenBank中下载的桉属EST序列，经过序列拼接，共新合成引物266对，利用尾叶桉×细叶桉作图群体的P2对新合成的引物进行PCR条件优化，其中203对有PCR产物。此外，何旭东(2010)优化好的但通过直接测序未完成EST-SSR标记开发的420对引物一起用于本研究实验中。 PCR筛选成功的623个EST-SSR进行混合克隆测序，389对引物测序序列较好。测序结果与源EST序列各自比对，295对引物成功测序并含有SSR，94对引物经测序确认存在PCR误扩增现象。将新开发EST-SSR标记对应的EST用BlastX程序对其进行基因功能注释上的非冗余蛋白质序列数据库进行同源比对分析。在E值<e-5，经过BlastX分析，191条EST序列与已知基因同源(64.7%)，40条EST序列具有推断功能(13.6%)，64条EST序列没有注释信息(21.7%)。利用295对新开发的标记检验桉属不同亚属的通用性情况表明，273个标记有效地检测到等位基因并得到1958个等位片段。258个有多态性的EST-SSR标记其观测杂合度(Ho)平均值为0.4118，变化范围为0-1；期望杂合度(He)变化范围为0.0417至0.9477，平均为0.6331；多态性信息含量(PIC)从0.04到0.6234不等。 273个标记中，有148个在作图群体的132个子代中有分离，结合前期已进行桉树遗传作图的STS标记，利用Mapmaker3.0作图软件分别构建尾叶桉和细叶桉的遗传图谱。尾叶桉图谱包含227个标记(70个为本文开发的标记)，基因组长度为2520.6cM；细叶桉图谱包括214个标记(66个为本文开发的标记)，基因组长度为2608.2cM。

作者：

周长品

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关键词：

桉树 EST-SSR标记混合克隆测序遗传图谱多态性信息

授予学位：

硕士

学科专业：

生物化学与分子生物学

导师：

甘四明

学位年度：

2011

学位授予单位：

中国林业科学研究院

语种：

中文

中图分类号：