摘要
目的: 奇异变形杆菌(Proteus mirabilis)是一种能引起泌尿系统感染的常见致病菌，但该菌已知的毒力基因与腹泻关系尚不明确，如何引起腹泻尚无定论。目前国外针对奇异变形杆菌的研究主要集中于引起泌尿系统感染的菌株中，对耐药研究较为多，但对奇异变形杆菌致腹泻的相关机制研究，Pubmed收录的论文很少。 我们在部分食物中毒事件中，从病人腹泻标本和剩余食品中都分离到奇异变形杆菌，未分离到其他致病菌。同一批次分离株皆具有相同的脉冲场凝胶电泳(PFGE)型别，感染小鼠后能造成腹泻或死亡。而从健康人群与外环境分离的菌株不引起小鼠出现以上症状，其PFGE图谱间差异较大。由此提出假设，除了已知的毒力基因外，致腹泻的奇异变形杆菌的基因组中可能还存在着其它特异的毒力因子，是造成食物中毒的主要原因。 围绕以上线索，本文主要开展以下几方面的研究: (1)致腹泻奇异变形杆菌病原学和分子生物学特征分析;(2)全基因组测序分析比较获得仅存在于致腹泻菌株中的特异基因;(3)在致腹泻菌株C02011中新发现的Ⅳ型分泌系统(T4SS)毒力岛编码基因virB1-11基本特性分析;(4)构建奇异变形杆菌C02011的virB9基因缺失株及回补株，鉴定其基本属性;(5)黏附和侵袭实验敏感细胞株的筛选，体外细胞模型的建立;(6)体外比较野生株C02011、virB9基因缺失株及回补株对人结肠癌Lovo细胞的黏附和侵袭水平;(7)腹泻动物模型的建立和初步实验;(8)明确virB9基因是否影响奇异变形杆菌对小鼠的致病能力。(9)特异基因的荧光PCR诊断方法的建立与菌株筛查。 方法与结果: 一、致腹泻奇异变形杆菌病原学、分子生物学特征 1、选择6株奇异变形杆菌作为实验研究菌株，包括2株标准菌株:ATCC29906和HI4320;2株食物中毒分离株和2株健康人群和外环境拭子分离株。 2、分析比较了不同来源的奇异变形杆菌的病原学特征和分子特征，不同来源的奇异变形杆菌生化特征基本相同，且均具有常见的毒力基因ureC、rsmA、hpmA和zapA。说明这些基因没有特异性，不能区分致病菌株和非致病菌株。 3、利用PFGE方法对奇异变形杆菌分子分型，同一起食物中毒分离株（病人标本和剩余食品分离株）的PFGE图谱一致，说明可能是由奇异变形杆菌引起的食物中毒。 4、发现奇异变形杆菌中分别存在着1～3个不同大小的质粒。最大的质粒为10100bp左右，在所有菌株中普遍存在。而C05028和C02034中都存在着一个2683bp的小质粒，有四个开放读码框，其中645bp的qnrD基因为喹诺酮耐药基因，与耐药表型一致，可见该质粒与菌株的耐药性相关。 5、环境分离菌株C02034携带的质粒最多（3个），其耐药性也最强，对喹诺酮类、磺胺类、氨基糖苷类和β-内酰胺类青霉素等均为耐药，由此推论其携带的另2个质粒也可能编码耐药基因，有待进一步验证。 6、研究表明，凭借传统的生化分析及常见的毒力基因鉴定不能区分菌株的来源，无法确定是食物中毒菌株还是健康人群自身携带（或外环境中存在）的菌株;但PFGE和质粒分析可区分菌株来源。本研究还发现了奇异变形杆菌菌株中普遍存在的质粒，为奇异变形杆菌耐药及致病性研究提供了理论依据。 二、奇异变形杆菌全基因组测序和序列比对 1、为了进一步明确致腹泻菌株中的特异基因，收集了2株典型的致腹泻菌株(C05028和C02011)，与1株健康人分离株(B02005)及1株外环境对照株(C02034)一起进行全基因组测序。 2、通过序列比对分析，发现了仅存在于食物中毒株而非致病菌株中不存在的特异基因有7个，其功能预测结果显示这些基因有些编码溶血素，有些编码DNA核苷酸转移酶或糖基转移酶，有些是与真核细胞结合相关的转录调控原件，具体的功能有待进一步研究。这些基因为本研究首次发现，未见相关文献报道。 3、在食物中毒分离株C02011中还发现了编码Ⅳ型分泌系统(T4SS)的特异基因，在奇异变形杆菌中目前尚无相关文献报道，是本课题组在食物中毒株中的首次发现。 三、C02011中的Ⅳ型分泌系统(T4SS)基本特性分析 针对C02011中的Ⅳ型分泌系统(T4SS)的11个基因virB1-virB11，通过同源比对、蛋白质功能域、三维结构预测、进化树、点阵图、基因结构预测、基因岛结构分析等，研究了整体的水平基因转移事件的进化关系。奇异变形杆菌C02011的T4SS主要的成分是:裂解糖基转移酶(VirB1)，能量转移(VirB3-4，VirB11)，融合通道（VirB2，VirB5-VirB10，脂蛋白），以及细胞黏附(VirB3-4)。 结论:T4SS所有的11个基因在蛋白质和核苷酸水平上与肺炎克雷伯菌PMK1和大肠埃希菌ECOR31的T4SS基因高度相似，但与8株已测序的奇异变形杆菌菌株的核苷酸不存在同源。 因此可以推断:该基因岛是近期从与其密切相关的肠杆菌科微生物大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌中水平转移而来的。而这个事件至少发生在奇异变形杆菌C02011从其他奇异变形杆菌菌株分化之后。 四、奇异变形杆菌C02011株virB9基因敲除及特性分析 为了研究virB基因在奇异变形杆菌致病中的相关功能，选择编码分泌系统融合通道的virB9作为研究对象，构建virB9基因敲除株Pmi/ΔvirB9。 利用基因同源重组的原理，通过自杀质粒PCVD442及中间宿主SM10λpir，成功构建了缺失virB9基因的突变株。并构建携带有virB9基因的Pmi/ΔvirB9回补株，为下一步研究打下基础。 在营养丰富条件下，C02011及Pmi/ΔvirB菌体的菌落形成和生长能力、生化反应并无显著差异。因而突变株适用于研究该基因对感染相关毒力的影响。 五、黏附和侵袭实验敏感细胞株的筛选，体外细胞模型的建立 选用人结肠癌细胞(Lovo)与人结肠腺癌细胞(Caco-2)进行体外研究，分别比对奇异变形杆菌C02011（食物中毒病人呕吐物分离株）和B02005（健康人粪便分离株）对细胞的侵袭性与黏附性，选择确定合适的细胞实验模型。 结果显示，食物中毒病人呕吐物分离株C02011对Lovo、Caco-2细胞具有很强的黏附性，健康人粪便分离株B02005对Lovo、Caco-2细胞黏附性弱，两菌株间的黏附率差异具有统计学意义(P＜0.01)。侵袭性实验也显示了类似的结果，两菌株对Lovo和Caco-2细胞的侵袭率差异具有统计学意义（P＜0.01）。 本研究证实分离自食物中毒伴腹泻症状病人的呕吐物中的奇异变形杆菌C02011具有很强的黏附力和侵袭力，在引起人和动物肠道疾病中发挥重要的作用。人结肠癌细胞(Lovo)具有更高的敏感性，适宜于研究奇异变形杆菌对其的黏附和侵袭能力。 六、virB9缺失降低了奇异变形杆菌C02011对Lovo细胞的黏附和侵袭能力 体外模型采用Lovo单层细胞，与野生株C02011的黏附率相比，Pmi/ΔvirB9黏附Lovo单层细胞能力显著降低，二者黏附率差异具有统计学意义(P＜0.001)。庆大霉素保护实验结果表明，突变株在侵袭水平上也表现出明显的降低，二者侵袭率差异具有统计学意义(P＜0.001)。Pmi/ΔvirB9转化入回补质粒后，突变株黏附能力和侵袭能力基本得到恢复。 结论: 引起腹泻的奇异变形杆菌与健康人群及外环境分离的奇异变形杆菌经过全基因组测序和比对分析，发现了仅存在于致腹泻菌株中的一些特异的毒力基因，尤其是发现了存在于腹泻伴呕吐的食物中毒病人分离株C02011中存在着Ⅳ型分泌系统(T4SS)。该T4SS所有的11个基因（virB1-11）在蛋白质和核苷酸水平上与肺炎克雷伯菌PMK1和大肠埃希菌ECOR31的T4SS高度相似，但与8株已测序的奇异变形杆菌菌株的核苷酸不存在同源。因此推断:该基因岛是近期从与其密切相关的肠杆菌科微生物大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌中水平转移而来的。而这个事件至少发生在奇异变形杆菌C02011从其他奇异变形杆菌菌株分化之后。 食物中毒病人呕吐物分离株C02011对Lovo、Caco-2细胞均具有很强的黏附性和侵袭性，健康人粪便分离株B02005对Lovo、Caco-2细胞黏附性和侵袭性弱，两菌株间的黏附率和侵袭率差异具有统计学意义(P＜0.01)。人结肠癌细胞(Lovo)具有更高的敏感性，适宜于研究奇异变形杆菌对其的黏附和侵袭能力。 通过基因敲除构建的virB9基因缺失株对Lovo细胞的黏附和侵袭力下降，对小鼠的致病性降低，差异具有统计学意义(P＜0.01)。因此推论T4SS系统是奇异变形杆菌C02011的特异毒力因子，该毒力岛在与真核生物的黏附和侵袭作用中发挥重要作用，可能是导致人体产生腹泻和呕吐的决定性因子。构成T4SS系统的其他几个组成基因的功能将是我们后续研究中需要探索的问题。
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