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茶基因数据库的构建研究

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茶含有多种对人体有益的化学成分,能够防癌、降血脂、抗衰老等,茶已经是世界三大饮料(咖啡、茶、可可)之一,具有很大的经济价值,对茶叶的深入研究很有必要。目前对茶树基因组的测序已经有多个单位在进行,并且积累了大量的数据。从物种基因数据发展的历史经验看,随着物种基因组测序计划的展开,相应的基因数据库和网站就会建立起来,但检索和研究发现,世界上依然没有专门的茶树基因数据库和网站,提供序列管理、分析服务。因此,茶树基因数据库的构建具有重要的现实意义。本文对前期采样测序所得数据及搜集的茶树数据进行分析注释整理,使用LAMP架构进行茶树基因数据库的开发,提供了茶树基因及其注释数据的下载、贵州古茶树SSR位点查询、茶树基因数据可视化等功能。 本研究主要内容包括:⑴采集贵州古茶树样本,进行RNA提取及测序等;⑵对获得的贵州古茶树样本数据,进行数据分析、整合、注释等,对贵州古茶树样本进行SSR位点信息的分析;⑶收集整理NCBI数据库中的茶树基因资源;⑷构建茶基因数据库。茶树基因数据库的构建,能够为茶树研究者提供有效的帮助,为茶树的进一步研究做理论上的支撑服务。

邢辉

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生物数据库 LAMP架构 可视化技术 程序语言

硕士

软件工程

申铁、黎瑞源

2017

贵州师范大学

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TP