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苹果茎沟病毒检测及分子特性研究

杨浩楠

苹果茎沟病毒检测及分子特性研究

杨浩楠1
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作者信息

  • 1. 华中农业大学
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摘要

苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)自然条件下能危害苹果和梨等果树,通常呈潜伏侵染状态,不引起明显的症状,因此很难从症状来判断ASGV是否发生。本研究采用RT-PCR和巢式RT-PCR技术,对采集于湖北武汉、辽宁兴城、山东烟台、山东莱阳、福建和陕西等地区的梨树及苹果树的枝条和叶片样品进行ASGV检测,测定了部分ASGV分离物的CP基因序列进行研究,研究结果如下: 1、对采集于湖北武汉、辽宁兴城、山东烟台、福建和陕西等地区的13个品种的31份苹果样品和53个品种的317份梨样品进行ASGV的RT-PCR检测,同时对来源于山东烟台的195份杜梨和豆梨砧木样品还进行了ASGV的巢式RT-PCR检测,综合以上两种检测结果显示有130份样品为ASGV阳性,总检出率为37.4%,其中湖北武汉、辽宁兴城、山东烟台和福建四个地方样品的ASGV检出率分别为23.8%、37.5%、35.4%、47.1%。 2、分别采用RT-PCR和巢式RT-PCR方法对山东烟台的95份豆梨和100份杜梨砧木样品进行ASGV检测。结果显示,采用RT-PCR和巢式RT-PCR法,豆梨样品ASGV检出率分别为1.1%(1/95)和24.2%(23/95),杜梨样品ASGV检出率分别为2%(2/100)和14%(14/100)。 3、对以上15个梨样品的ASGV扩增产物进行克隆和测序,获得ASGV扩增片段的大小均为500 bp,包括3’端非翻译区和部分CP基因。序列比对结果显示,这些ASGV分离物CP基因核苷酸序列相似性为88.0-100%,推测编码氨基酸序列相似性为91.9-100%。在系统进化树中聚为3组,其中来自湖北巴东桐子梨上的分离物HB-1-8与已报道的来自山东考密斯上的分离物ASGV-SD-kms亲缘关系较近,共聚为一组;来自福建黄花和翠冠的分离物FJ-2-8与来自湖北杜梨上的分离物HB-12-9亲缘关系较近,共聚为一组;其余分离物共聚形成一大组群。 4、采用引物ASGV-CPF/ASGV-CPR,从8个梨样品上扩增获得ASGV完整的CP基因,测定了8个ASGV分离物的17个CP克隆序列,大小为713 bp。CP基因克隆间的核苷酸序列相似性为88.1-99.7%,推测编码氨基酸序列的相似性为91.9-100%。系统进化树分析的结果显示,来自莱阳茌梨的5个克隆LYL-3-12、LYL-5-2、LYL-6-5、LYL-6-8、LYL-9-1与SL-1-3和QZL-1-2系统进化关系较近,共聚为一组;其余分离物及分子变种共聚形成一大组群。

关键词

苹果茎沟病毒/CP基因/核苷酸序列/编码氨基酸/分子特性

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授予学位

硕士

学科专业

农业推广

导师

洪霓

学位年度

2014

学位授予单位

华中农业大学

语种

中文

中图分类号

S4
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