四川泡菜是以新鲜蔬菜为主要原料或加以少量辅料，用3％-7％盐水泡制的发酵食品。四川泡菜是我国传统美食，早在3000多年前人们就掌握该方法来保存蔬菜。因其鲜脆可口受到人们的广泛喜爱，其中的益生菌及营养物质对人们的健康具有重要意义。 韩国各类泡菜中细菌群落的研究较系统深入。四川家庭和工厂泡菜细菌群落的研究较少，环境因子与泡菜中微生物群落间关系的研究不够全面，家庭泡菜发酵过程中微生物的动态演替还不够清楚，泡菜中菌剂的研究还可以进一步深入。无论是四川还是韩国泡菜，其中真菌群落组成及功能的报道较少。 因此，本文采集了四川和重庆地区共61个泡菜样品（包括家庭泡制及工厂泡制样品），自制了四川泡菜发酵过程中的样品，提取了泡菜水样品的DNA。采用Illumina Miseq平台对细菌的16s rDNA V4区和真菌的ITS2区进行高通量测序，分析了四川泡菜中细菌和真菌群落组成特征，揭示了不同分组四川泡菜样品中的微生物群落组成差异及原因。结合高通量测序分析结果，采用可培养技术筛选了各泡菜样品中的部分功能菌株，鉴定并保存。主要研究结果如下: (1)从各泡菜样品中共筛选获得菌株89株，其中细菌64株，真菌25株，细菌包括乳杆菌、片球菌、乳球菌、肠杆菌、魏斯氏菌、明串珠菌、不动杆菌和芽孢杆菌;真菌包括假丝酵母、毕赤酵母、维克汉逊酵母、得巴利酵母和地霉属。经检测所有的乳酸菌均具备产乳酸的功能，部分乳酸菌还可产己酸，其中部分植物乳杆菌具有胆盐水解酶基因(bsh基因)和反硝化基因（narG基因）;所检测的酵母菌都具备产乙醇和良好的耐酸耐盐性能，部分酵母菌还具备代谢乳酸的功能。 (2)本研究测定了61个泡菜水样品的pH值、总酸度和盐度。发现工厂泡菜的pH值和盐度高于家庭泡菜，而总酸度低于家庭泡菜。从细菌的群落组成来看，在门水平，四川泡菜主要由变形菌门和厚壁菌门组成。在属水平，四川泡菜的细菌群落不仅包含乳杆菌和片球菌为主的乳酸菌，还包含盐单胞菌和色盐杆菌。对四川泡菜细菌群落组成具有显著影响的因素(p＜0.05)为:工艺、盐度和pH值。从真菌的群落组成来看，在门水平，四川泡菜的优势菌为子囊菌门和担子菌门。在属水平，四川泡菜的优势菌为毕赤酵母、得巴利酵母、假丝酵母、产香酵母、维克汉逊酵母和结合酵母等。与影响四川泡菜细菌群落组成因素不同的是，地域、工艺和盐度对四川泡菜真菌的群落组成具有显著影响(p＜0.05)。无论是真菌还是细菌，对四川泡菜中风味物质的产生及保健方面都具有重要的意义，并且其中的酵母菌可以代谢乳酸，可以解除因乳酸积累而产生的对乳酸菌的反馈抑制。 (3)在四川泡菜发酵过程中可根据pH值、总酸度和微生物群落的变化，将发酵过程分为3个阶段。从细菌群落演替来看，厚壁菌门和变形菌门细菌是整个过程的优势菌。变形菌门在第1阶段占最优势，随着发酵进行丰度逐渐降低。在第3阶段，厚壁菌门成为最优势的类群。在属的水平上，发酵第1阶段，肠杆菌和气单胞菌的丰度较高;发酵第2阶段，乳球菌增加较快，肠杆菌和气单胞菌逐渐降低。发酵第3阶段，乳杆菌和乳球菌成为了泡菜中最主要的细菌，肠杆菌和气单胞菌的丰度降低。从真菌的群落演替来看，发酵第1阶段存在着较多的霉菌（曲霉、红曲霉和青霉）和酵母菌（毕赤酵母和维克汉逊酵母）。在发酵的第2阶段，假丝酵母和产香酵母成为最优势的真菌。发酵进行到第3阶段时，假丝酵母(78.97％)占据绝对优势。经测定，泡菜中的真菌和细菌在泡菜的发酵过程均起着关键作用。
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