摘要
组蛋白修饰是表观遗传修饰的一种，它与炎症反应、基因表达、疾病发生都有关系。人类和小鼠在细胞结构、解剖形态上类似，本文研究人类和小鼠在组蛋白修饰方面的异同。以具有分化功能的胚胎干细胞H1-hesc（Human）、ES-bruce4（Mouse）和已经分化的白血病细胞系K562（Human）、MEL（Mouse）这四个细胞系的七种组蛋白修饰数据、Refseq数据和RNAseq数据进行分析。在两者的同源基因里分析比较了全基因组和转录起始位点(transcriptional start site,TSS)组蛋白修饰分布、高低表达基因里组蛋白修饰差异倍数和组蛋白修饰之间的Spearman相互关系；在不同的基因集合里分析比较组蛋白修饰和基因表达值的Pearson相互关系；对人类和小鼠非共有基因进行GO分析和KEGG分析；在癌症通路里对组蛋白修饰和基因表达值(Reads Per Kilobase per Million mapped reads,RPKM)做Pearson相关性分析，比较慢性白血病通路(chronic myelogenous leukemia,CML)中致癌基因和抑癌基因组蛋白修饰分布，利用IGV软件检索单个基因的组蛋白修饰分布情况。本篇文章主要研究成果如下： 1.对同源基因集合进行分析，对比高低表达基因的差异倍数，H3K4me3的差异倍数在人类和小鼠的癌症细胞中都远远大于正常细胞。对比高低表达基因组蛋白修饰之间的关系，发现在高表达基因里，人类H1-hesc和K562的相关性类似，小鼠ES-bruce4和MEL的相关性类似。 2.对比TSS上下游2000bp处三种基因集合RPKM和组蛋白修饰的关系，发现在同源基因集合中H3K27me3在人类、小鼠当中都是负相关。在编码基因集合中，人类有负相关存在，但小鼠全都是正相关。而非共有的那部分基因可能是这两部分基因相关性结果不同的原因。 3.针对非共有的基因集合做了KEGG分析，结果表明在人类和小鼠的这部份基因中最主要的是与嗅觉有关的通路。利用IGV软件做组蛋白修饰信号分析，发现小鼠Cdkn2a和人类CDKN2A的H3K27ac信号分布在正常细胞和癌症细胞中有差异。
NETL