摘要
目的：探讨遵义地区肠道病毒71型（Enterovirus 71，EV71）流行株的基因分型、变异及遗传进化情况，从分子水平了解其流行病学特点，为该地区EV71型手足口病（Hand foot and mouth disease，HFMD）防治提供理论参考。 方法：选取2013至2015年遵义地区220例HFMD住院患儿咽拭子为研究样本，其中重症病例样本187例，普通病例样本33例。通过对所有咽拭子进行病毒类型鉴定，筛选出EV71感染样本进行病毒体外培养，提取出病毒核酸，利用逆转录-聚合酶链反应（reverse transcription-polymerase chain reaction，RT-PCR）鉴定核酸类型；将EV71核酸利用RT-PCR及大肠杆菌质粒进行分段扩增，扩增产物测序后利用生物信息学软件依次进行序列编辑、拼接、比对、相似性分析及遗传进化树构建。 结果：（1）检出EV71情况：220例咽拭子样本中，检出EV71 105例（占47.7?）；187例重症病例样本中，检出EV71 100例（占53.5?）；33例普通病例样本中，检出EV71 5例（占15.2?）。（2）EV71全基因组分析：本研究获得7株EV71毒株全基因组序列，长度均为7405 bp，编码2193个氨基酸，毒株间10处氨基酸位点存在差异。（3）EV71遗传进化分析：①7株EV71毒株间分别基于全基因组核苷酸、全基因组编码氨基酸、VP1核苷酸及VP1氨基酸的相似性分析：7株EV71毒株的相似性非常高，在99?以上。②7株EV71毒株与柯萨奇病毒A组16型（Coxsackievirus A16,CVA16）及各型EV71参照株基于VP1区基因序列的相似性和进化树分析：7株EV71毒株与各参照株间的相似性和遗传距离差异明显；其中与EV71参照株的相似性明显高于CVA16参照株，遗传距离明显较CVA16参照株远；同各型EV71参照株相比，与C基因型参照株相似性最高，遗传距离最远，其次依次为B、A基因型；C基因型中与C4a亚型参照株相似性最高，遗传距离最远。③7株EV71毒株与CVA16及各型EV71参照株基于5＇非翻译区（5'Untranslated Region，5'UTR）基因序列的相似性和进化树分析：7株EV71毒株与EV71 C4a参照株的相似性最高，遗传距离最远，与EV71 A参照株相似性最低，遗传距离最近。④7株EV71毒株与CVA16及各型EV71参照株基于全基因组序列的相似性和进化树分析：7株EV71毒株与各参照株基于全基因组序列的相似性和遗传距离差异不如VP1明显；7株EV71毒株与EV71参照株的相似性较CVA16参照株稍高，遗传距离稍远；同各型EV71参照株相比，与B、C基因型参照株的相似性高于A基因型参照株，遗传距离也较A基因型参照株远；同B、C各基因亚型参照株的比较中，7株EV71毒株与C4a亚型参照株相似性最高，遗传距离最远，其次为C4b亚型参照株，与其它C亚型及各B亚型参照株的相似性及遗传距离缺乏规律性。 结论：EV71可能是遵义地区2013-2015年重症HFMD患儿感染的主要病原体，其基因型为C4a亚型，与我国其它地区EV71流行株型别一致，暂未发现抗原转变及新亚型毒株输入，但毒株间存在散发变异；EV71遗传进化研究以VP1基因序列为依据最为合理可靠。
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