石碌含笑(Magnolia shiluensis (Chun & Y. F. Wu)Figlar)为木兰科含笑属常绿乔木，分布于我国海南省及广东省。其拥有极高的观赏价值和木材使用价值，适用于园林景观和家具产业。由于分布范围窄、人类活动干扰、自然灾害、自然繁殖能力低等问题，石碌含笑野外群体面临破碎化和数量骤减的现状，现已被世界自然保护联盟列为濒危物种。本研究采用nSSR和cpDNA标记，对现存石碌含笑群体的遗传多样性和遗传结构进行研究，并组装其叶绿体基因组与近缘种进行比较，旨在为石碌含笑保护政策的制定和进化关系的研究提供理论基础。研究结果如下： 1、石碌含笑遗传多样性较高。基于nSSR标记的群体平均Na、Ne、I、Ho和He分别为5.559、4.078、1.452、0.647和0.697。群体规模与Na、Ne、I和Np显著相关，与Ho和He不相关。基于cpDNA标记的两个基因间隔区片段长度为1142bp，总多态位点12个，共产生6个单倍型，核苷酸多态性和单倍型多样性分别为0.00217和0.668。 2、石碌含笑呈中度遗传分化。基于nSSR标记的FST为0.162、FIS为0.071、FIT为0.217，群体间基因流(Nm)为1.447。基于cpDNA标记的群体间遗传变异为76.86%，群体内为23.14%。两个标记的Mental检验相关性均不显著。 3、石碌含笑遗传结构明显。Structure将6个群体分为两个基因池，吊罗山群体的大部分个体与其余5个群体的单株分开；PCoA结果表明，除吊罗山群体外其余5个群体有不同程度重叠；UPGMA结果显示吊罗山群体与阳春县群体处在同一个分支，其余群体在另一个分支。吊罗山群体和鹦哥岭群体的单倍型较白沙县、五指山、鹦哥岭和阳春县丰富。单倍型H3处在网络图中心，并分布于所有群体，推测其可能为祖先单倍型。 4、石碌含笑叶绿体基因组结构和序列较为保守。其具有典型的四分结构，总长度为160,075bp，LSC、SSC、IR长度各为88,105bp、18,796bp和26,587bp。基因组共有131个基因，包括86个蛋白编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因。比较分析表明，石碌含笑叶绿体基因组与其近缘种高度相似，系统发育分析表明石碌含笑与观光木亲缘关系最近。
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