摘要
目前，新发病毒传染病正严重危害着人类和动物的健康。很多病毒对马属动物较易感，容易引发传染病，严重影响了马产业的发展。新疆养马业历史悠久，品种资源丰富，数量庞大，病毒性传染病频发。因此，准确掌握马匹携带的病毒情况，对于病毒传染病的及时监测和防控具有重要意义。传统的检测发现病毒的方法存在着或多或少的弊端，基于新一代高通量测序的病毒宏基因组学的广泛应用，为准确全面发现已知病毒和新发病毒提供了技术支撑。本研究在新疆昌吉市、伊犁州和哈密市等马场采集马匹的粪便样本，共计203份，通过病毒宏基因组学分析技术平台，对样品进行高通量病毒筛查，查明新疆地区马匹携带病毒情况，同时对病毒宏基因组学筛查发现的有意义的DNA病毒进行系统的鉴定和分析，获得完整的DNA病毒种类数据信息。 通过高通量测序结果注释分析显示，30.25%的序列注释到哺乳动物病毒。其中哺乳动物病毒又包括逆转录病毒、小双节RNA病毒、乳头瘤病毒、痘病毒、细小病毒、圆环病毒等，挑选注释到的DNA病毒细小病毒、圆环病毒、乳头瘤病毒进行PCR鉴定和遗传系统进化分析。 为验证病毒组学结果及分析病毒的遗传进化特征，根据GenBank数据库中细小病毒毒株VP1基因序列，设计包含目的基因的1对特异性引物，并扩增病毒VP1基因序列，结果显示，伊犁马细小病毒与焉耆马细小病毒同源性较低，与其他19株细小病毒VP1基因核苷酸序列同源性也较低；根据遗传进化分析结果表明伊犁马细小病毒与焉耆马细小病毒属于两个不同的进化分支，是完全不同的两种细小病毒毒株。参考GenBank数据库中圆环病毒Rep蛋白基因序列，设计包含目标基因的1对特异性引物，并扩增病毒Rep基因序列，结果显示，圆环病毒基因序列与3株猪圆环病毒核苷酸序列同源性相对较高，与其他病毒核苷酸序列同源性较低；根据遗传进化分析结果表明纯血马圆环病毒与3株猪圆环病毒属于同一个进化分支，研究的病毒推测可能是新型圆环病毒。根据GenBank数据库中人乳头瘤病毒18型毒株E7基因序列，设计包含目的基因的1对特异性引物，并扩增病毒E7基因序列，同源性分析表明，马源人乳头瘤病毒18型与日本的人乳头瘤病毒毒株核苷酸序列同源性高达100%，与意大利、美国、希腊、巴西、浙江、荷兰分离株同源性为99.7％，与孟加拉国、美国、泰国、武汉、韩国、德国分离株同源性为99.4%；根据遗传进化分析表明纯血马乳头瘤病毒与多个国家属于同一大分支。推测马源人乳头瘤病毒18型对马易感，可能是由引进的马匹传染。 本试验通过病毒宏基因组学方法研究新疆部分地区马携带的DNA病毒并进行鉴定和遗传进化分析，为该地区马匹构建病毒资源库提供了重要的基础数据。
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