摘要
背景 近年来，免疫检查点抑制剂(Immune checkpoint inhibitors，ICIs)成为治疗晚期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer，NSCLC)患者的重要策略。肿瘤新抗原作为重要的生物标志物和潜在的免疫治疗靶点，在NSCLC患者的治疗和预后等方面发挥着重要作用。 方法 1.对入组患者组织学标本进行全外显子测序(Whole exome sequencing，WES)，并利用Neopipe软件预测候选新抗原和候选新抗原表位;分析候选新抗原和候选新抗原表位与临床病理特征之间的关系;分析与候选新抗原和候选新抗原表位与基因突变特征之间的关系; 2.对入组患者组织学标本进行数据非依赖采集(Data Independent Acquisition，DIA)质谱检测，筛选出富集在免疫相关功能和/或通路的差异蛋白，并与候选新抗原进行相关性分析;探索性分析质谱检测结果是否可以验证基于WES预测的候选新抗原。 结果 1.2019年6月至2019年9月期间在北京协和医院接受手术切除治疗的NSCLC患者中，排除病例资料不全和组织样本不足者，对其中28例患者进行了WES和DIA质谱检测;WES共鉴定出6920个非同义体突变，通过对主要组织相容复合物 (major histocompatibility complex，MHC)I类分子结合力的预测和基因表达量的分析，使用Neopipe软件对新抗原表位和新抗原进行了预测，最终共预测出候选新抗原表位7912个，候选新抗原2942个。①在有肿瘤家族史、鳞癌和肿瘤最长径大的患者中候选新抗原更多;②新抗原和肿瘤突变负荷(tumor mutation burden，TMB)、非同义单核苷酸变异(single nucleotide variation，SNV)、非同义插入突变、碱基颠换(A＞C/C＞A、T＞G/G＞T、C＞G/G＞C)呈正相关，而和碱基转换(A＞G/G＞A和C＞T/T＞C)呈负相关;存在剪接位点变异的患者新抗原数更多。与所有基因相比，新抗原突变种类较少;与低肿瘤新抗原负荷(tumor neoantigen burden，TNB)基因相比，高TNB基因突变种类更多，同时突变频率更高。 2.在28例患者中，DIA质谱检测共鉴定出差异蛋白1920个，其中上调蛋白1197个，下调蛋白723个;①对差异蛋白进行富集后发现只有下调蛋白富集在了39个免疫相关的功能条目，其中富集最明显的两个功能是体液免疫应答(45个蛋白富集)和补体激活(28个蛋白富集)，富集在这两个功能的蛋白中有18个蛋白与新抗原呈正相关;其中蛋白P02671和新抗原相关性最强(相关系数=0.618，P＜0.01)，同时和其它蛋白交互作用也最强;②通过将DIA肽段映射至人参考基因组，定位到新抗原相关突变位点置换碱基后进行翻译，再与原肽段进行比较;得出的一致肽段再和新抗原设计过程中核心肽段进行匹配后，并未验证到候选新抗原表位。 结论 1.在有肿瘤家族史、鳞癌和肿瘤最长径大的患者中候选新抗原更多;除突变数量外，突变质量也对新抗原有影响，存在非同义SNV、非同义插入突变、剪接位点变异和碱基颠换类型的患者中候选新抗原更多。 2.肿瘤差异表达蛋白中只有下调蛋白富集在免疫相关的功能条目，其中富集最显著的是体液免疫应答，富集蛋白中有18/45个蛋白与候选新抗原数目呈正相关;DIA质谱检测未验证到基于WES预测的新抗原表位。
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