摘要
头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）是最常见的一种头颈部肿瘤。随着高通量测序技术的高速发展，在基因层面进行了大量的癌症相关研究，发现基因的差异表达和DNA甲基化修饰的改变在肿瘤的发生发展过程中起着非常重要的作用。研究表明在HNSCC患者中，HPV阳性患者的总生存时间和无瘤生存期普遍较HPV阴性患者更长。本文基于TCGA数据库中HNSCC的RNA-Seq数据、450k甲基化数据、患者临床信息，结合Lawrence,MichaelS的HNSCC相关研究结果，由此得到TCGA中有确定HPV状态的HNSCC患者信息，根据这些患者ID从总数据中提取出本文研究所需HPV相关患者的数据。 利用转录组数据筛选差异表达基因，使用Cox回归分析、与原癌基因和抑癌基因取交集、Kaplan-Meier分析的方法，筛选出7个与患者生存显著相关的基因。利用DNA甲基化数据筛选差异甲基化位点，使用Cox回归分析、Lasso回归分析和Kaplan-Meier分析的方法构建了一个由15个差异甲基化位点组成的预后模型，该模型的性能评估结果良好（AUC=0.787、0.79、0.796）。并将筛选得到的7个预后相关基因和15个预后相关位点联系起来，研究两者间的相关性，发现它们有着相似的特征变化模式。根据特征模式分析，认为它们可能是导致HPV阳性HNSCC患者优良预后的因素之一。 最后，利用加权基因共表达网络将基因按照表达模式聚类分成19个模块，对其中3个与HPV状态显著关联的模块，依据HPV状态分组、选取各模块中DEGs或与DEGs高度相关的基因、构建蛋白质相互作用网络，对每个模块中HPV阳性与HPV阴性网络中基因间的连接及功能分析。结果表明各模块的HPV阳性网络中都包含更多模块基因，且基因间有着更紧密的连接和更相似的功能，并得到了HPV阳性与HPV阴性网络之间的关键差异基因。本文的研究可能对了解不同HPV状态下基因的表现模式，以及HPV阴性HNSCC患者生存的靶向治疗研究存在潜在意义。
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