摘要
我国人参种质资源丰富，但由于缺乏对种质资源整理和鉴定，导致人参种质资源利用效率低，育种材料匮乏。目前，人参种质资源的亲缘关系还不十分明确，严重缺乏种质资源鉴定方法。分子标记技术是进行种质资源鉴定的必要技术方法，但人参的分子标记数量少，以RAPD、RFLP和SSR等早期开发的标记为主，无法实现人参种质资源的快速精准鉴定。本研究基于SLAF-seq技术对人参种群进行遗传进化分析，发掘7份人参资源的特异SNP位点。针对筛选到的SNP侧翼序列信息，设计引物进行扩增包含SNP位点的基因组片段，利用一代测序结果对SNP位点进行验证。对于验证成功的SNP位点，开发基于常规PCR和荧光定量PCR的分子标记。以期为人参种质资源鉴定提供技术方法和理论参考。主要研究结果如下: 1.98个人参样品共获得745.17Mb数据，本次测序的平均深度为19.55×，合计开发了1，160，215个SLAF标签，其中多态性SLAF标签356，324个，测序的平均Q30值为93.19％，平均GC含量为34.92％，共得到1，766，585个群体SNP，发现17个群体特异SNP，其中在KTZ-01人参中发现1个群体特异SNP，在KTZ-02中发现11个群体SNP，在KTZ-04中发现2个特异SNP，在KTZ-05中发现2个特异SNP，在KTZ-06中发现1个特异SNP。通过对群体结构、PCA和系统发育树进行分析，将人参资源分为8个亚群，其中KTZ-01、KTZ-02、KTZ-04、KTZ-05和KTZ-06群体内部遗传分化较小，但人参资源在总体上呈现了丰富的遗传多样性。 2.针对KTZ-01、KTZ-02、KTZ-04、KTZ-05和KTZ-06的SNP侧翼序列设计了34对通用引物，所有引物均可扩增目的条带，但仅有2对引物扩增产物为单一片段，分别为KTZ-01和KTZ-02特异SNP的引物。一代测序结果显示，引物对E-3F/R可以扩增出1235bp的目的片段，在KTZ-01样品中扩增序列860bp处碱基为T，在其他样品扩增序列中此处的碱基为G;引物对M-11F/R可以扩增出1036bp的目的片段，在KTZ-02样品中扩增序列在644bp处碱基为A，在其他样品扩增序列中此处碱基为G。 3.常规PCR结果显示，特异引物SEF/R只在KTZ-01样品中扩增出279bp条带，在其他样品中均未扩增出条带;特异引物SYF/R只在KTZ-02样品中扩增出250bp条带，其他样品中均未检测到目的条带。应用特异引物SEF/R和SYF/R可将KTZ-01和KTZ-02与其他人参品种区分开。 4.荧光定量PCR结果显示，特异引物SEF/R只在KTZ-01样品中产生扩增曲线，在其他的样品中均未产生扩增曲线;特异引物SYF/R只在KTZ-02样品中产生扩增曲线，在其他的样品中均未检测到扩增曲线，进一步对SNP位点进行了验证。
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