摘要
目的： 原发性肝癌是全球第六大最被常诊断的癌症和第三大癌症的死因，仅在2020年就诊断出906000例新病例以及830000例死亡病例。其中肝细胞癌约占(75%-85%)。肿瘤微环境(Tumor microenvironment，TME)是一个高度复杂的生态系统，由肿瘤细胞、免疫细胞以及基质细胞构成。研究表明TME在肝细胞癌的发生发展中起到重要作用。本研究将通过肿瘤微环境分析、免疫浸润以及加权网络共表达联合分析，挖掘肝细胞癌肿瘤微环境中的重要因素及其相关基因，为肝癌的治疗或诊断提供新的角度。 方法： 1.从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库和TCGA(The Cancer Genome Atlas Program)下载肝细胞癌转录组数据，利用affy包对提取数据预处理。 2.利用ESTIMATE((Estimation ofstromal andimmune cells inmalignant Tumor tissues using Expression data)包分析基因表达数据，估算出样本免疫细胞、基质细胞渗透程度以及肿瘤细胞占比；利用CIBERSORT，估算样本中22种免疫细胞的浸润程度。 3.利用KM(Kaplan-Meier)极限乘积法对免疫细胞、基质细胞渗透程度、肿瘤细胞占比以及22种免疫细胞的浸润程度进行生存分析，筛选与肝细胞癌相关的微环境因素。 4.将免疫细胞、基质细胞渗透程度、肿瘤细胞占比以及22种免疫细胞的浸润程度作为样本临床信息，与WGCNA构建的基因网络联合，找出与肿瘤微环境相关的模块；利用cytoscape，根据基因差异表达程度以及连通度，筛出关键模块种的hub基因。 5.利用KM极限乘积法对hub基因进行生存分析，利用UALCAN、GEPIA、GSEA以及TIMER等分析工具，对hub基因进行验证和分析。 结果： 1.肿瘤微环境分析，发现基质细胞的低占比或肿瘤细胞低占比与生存预后不良显著相关，肿瘤微环境中的免疫细胞渗透程度在T1与T3之间存在显著差异。 2.免疫浸润分析，发现未活化的肥大细胞和未活化的CD4+记忆性T细胞低浸润与肝细胞癌的生存预后不良有关。 3.Hub基因(AKR1B10、AKR1C3、PRDX1、TRIM16、NFE2L3)在肝细胞癌中的异常表达均与预后不良有关，且风险比率预测均大于1，均可作为肝细胞癌预后的潜在标志物。 4.NFE2L3的表达与临床TNM分级中的stage分期显著相关；与B细胞、CD8+T细胞、CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒、树突状细胞的浸润程度显著正相关。 结论： 肝细胞癌中基质细胞的渗透在肝细胞癌预后中起重要作用，未活化的肥大细胞和未活化的CD4+记忆性T细胞也是潜在的预测肝细胞癌预后的因素，AKR1B10、AKR1C3、PRDX1、TRIM16、NFE2L3可作为肝细胞癌预后的潜在标志物。NFE2L3可能在肿瘤微环境的动态调制中挥发重要作用，需进一步的研究。
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