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基于生物信息学分析INHBB基因在结直肠癌中的表达和意义

袁锦鹏

基于生物信息学分析INHBB基因在结直肠癌中的表达和意义

袁锦鹏1
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作者信息

  • 1. 汕头大学
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摘要

研究目的:激活素Bβ亚基基因(INHBB)是一个蛋白编码基因,主要参与转化生长因子β(TGF-β)超家族成员的合成。本研究通过生物信息学分析,探索INHBB基因在结直肠癌中的表达、临床相关性和预后价值。 方法:我们在TCGA和GEO数据库中下载结直肠癌转录组数据、甲基化数据、相应的临床病理资料和生存资料。首先,我们在TCGA和GEO数据库中多个数据集探索INHBB基因在结直肠癌组织中的转录组表达水平。其次,我们进一步探索分析INHBB基因的甲基化情况及其与INHBB基因表达的相关性。此外,我们进一步分析INHBB基因表达与相应临床病理资料和预后的相关性。最后,我们通过基因集富集分析(GSEA)探索INHBB基因所参与的细胞成分、生物学功能、分子功能和信号通路。 结果:我们通过分析TCGA和多个GEO数据集发现,相比于正常结直肠组织,结直肠癌组织中INHBB的mRNA水平显著升高。相比于正常结直肠组织,INHBB基因在结直肠癌组织中存在高甲基化,但其甲基化与INHBB表达相关性不大。INHBB的过度表达与结直肠癌浸润深度、淋巴结转移、TNM分期和远处转移呈正相关,与性别、年龄等因素不相关。INHBB的过度表达与结直肠癌患者较差的总生存率(OS)和无病生存率(DFS)相关,单因素和多因素Cox回归分析结果发现INHBB表达,年龄,浸润深度远处转移,TNM分期为结直肠癌患者总体生存率的独立预后因素。在GSEA分析中,GO(基因本体论)富集分析结果表明INHBB过度表达可能参与生长因子结合、细胞内稳态、间充质分化等细胞和生物学过程,KEGG(京都基因和基因组百科全书)信号通路分析结果表明INHBB过度表达可能参与Hedgehog信号通路、细胞外基质受体相互作用、TGF-β信号通路、粘着斑等癌症相关信号通路。 结论:INHBB过度表达与结直肠癌的不良预后密切相关,INHBB可能成为结直肠癌潜在的预后生物标志物和新的治疗靶点。

关键词

结直肠癌/INHBB基因/生物信息学/信号通路

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授予学位

硕士

学科专业

外科学

导师

陈君填

学位年度

2021

学位授予单位

汕头大学

语种

中文

中图分类号

R73
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