摘要
构建细胞遗传学图谱可以实现染色体识别、连锁图谱整合以及辅助基因组拼接等目的，为染色体进化和分子遗传学研究提供依据。然而，目前在双壳贝类中，此类研究的相关报道还依然较少。本研究应用虾夷扇贝fosmid克隆和荧光原位杂交技术，从三个方面进行了染色体特异标记的开发，构建了虾夷扇贝染色体图谱。主要结果如下： 1.虾夷扇贝串联重复序列的染色体定位。利用虾夷扇贝基因组数据以及虾夷扇贝fosmid文库克隆解码数据信息，筛选了25个包含串联重复序列的fosmid克隆进行FISH定位。结果显示25个fosmid克隆中有10个克隆成功定位到虾夷扇贝染色体上，并产生了特异的信号位点。在成功定位的fosmid单克隆中，有2个单克隆成功被定位在了中部着丝粒染色体上，一个单克隆被定位到了一对端部着丝粒染色体的长臂端部，2个单克隆被定位到了亚中部着丝粒染色体的近着丝粒处，5个单克隆被定位到亚端部着丝粒染色体上。通过对定位到同一类型的染色体上的fosmid克隆两两之间进行共定位，其中8个克隆的染色体相对位置可以确定。结合18S-28SrDNA与5SrDNA定位结果，可以实现虾夷扇贝19对染色体中10对染色体获的区别鉴定。 2.虾夷扇贝单、低拷贝序列的染色体定位。通过对11个包含功能基因的fosmid克隆进行染色体定位，本研究成功将虾夷扇贝功能基因定位到染色体上，证实了采用fosmid克隆进行虾夷扇贝单、低拷贝序列定位的可行性。其中有8个fosmid克隆被定位在了一对染色体上，3个克隆被定位到了多对染色体上。核型分析后，发现包含PAX3/7基因的克隆PF1001L15被定位在了一对端部着丝粒染色体上。包含PROP1基因的克隆PF261B13、包含TNFR基因的克隆PF126M18及包含TRAF7基因的克隆PF123H24均被定位到了亚中部着丝粒染色体上。包含MKK7基因的克隆PF118H7，包含Myd88-1基因的克隆PF123J11，包含TRAF4基因的克隆PF120E14以及包含SHH3/4基因的克隆PF210O13则被定位在了虾夷扇贝的亚端部着丝粒染色体上。包含TRAF2基因的克隆PF118E11被定位到了两对染色体上，而包含Myd88-3的克隆PF106B20和包含NFκB基因的克隆PF109F4杂交结果显示，这2个克隆被定位到了三对染色体上。通过共杂交，发现虾夷扇贝中，基因Myd88-3、TRAF7、MKK7和SHH3/4被定位到了同一条染色体上。其他虾夷扇贝免疫相关基因没有发现成簇分布的现象。 3.虾夷扇贝SNP图谱和染色体图谱的整合。本研究挑选了49个包含SNP标记的fosmid单克隆进行染色体定位，其中，有33个单克隆被定位到一对染色体上，可以用作染色体图谱和SNP连锁图谱的整合，其余的fosmid克隆均被定位到了两对或两对以上染色体上。对产生部分单一信号的单克隆进行共杂交，本研究一共实现了11个连锁群上的SNP标记的共定位，其中有8对被定为在了同一对同源染色体上，与SNP连锁图谱所定位相一致。其余3对SNP位点被定位到了不同的染色体上。本研究通过SNP-fosmid克隆对虾夷扇贝SNP连锁图谱和细胞遗传学图谱进行了初步整合。并通过对SNP-fosmid克隆的共定位，对现有的SNP连锁图谱进行了检验与校正。本研究结果可以被运用于部分染色体的区分与鉴定，从一定程度上解决了虾夷扇贝染色体形态大小相近，难以区分的问题。整合图谱将会为虾夷扇贝基因组的拼接与组装提供帮助。进而将会为虾夷扇贝基因的染色体定位，重要功能基因的识别等研究有所帮助，推动虾夷扇贝下一步分子遗传学研究。
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