摘要
肠道菌群是定殖在机体肠道内的微生物群，是一个动态而又相对稳定的微生态群落，对宿主的健康和生理至关重要。鸡的胃肠道拥有独特而多样的菌群，近年来关于鸡肠道菌群的研究越来越多。在鸡的进化历程中，雏鸡一直是由母鸡孵化并饲养的，但是目前养殖业集中饲养的模式切断了雏鸡与母鸡之间的菌群交流。目前尚不清楚这是否会导致雏鸡在生命早期无法建立丰富且平衡的肠道微生物群，以及对雏鸡的抵抗力是否有影响。因此，我们研究了由母鸡孵化并饲养的雏鸡与人工孵化并饲养的雏鸡肠道菌群的差别及对甲型H9N2禽流感病毒的抵抗力。 我们利用16SrRNA测序的方法，评估了3组母鸡接触组（母鸡孵化并饲养，n=5）和一组对照组（人工孵化并单独饲养，n=5）的雏鸡在孵化后不同时间段肠道菌群的组成。将这些数据与母源菌群相比较，以确定雏鸡生命早期肠道菌群的潜在来源，旨在了解母源菌群对雏鸡早期肠道菌群形成做出的贡献。雏鸡饲养至28日龄感染H9N2禽流感病毒，以评估雏鸡的抵抗力。 Alpha多样性分析显示在孵化后第3天雏鸡已经有了一定程度的物种多样性和丰富度，并随着日龄的增长而上升，在第11~17天下降，对照组的雏鸡肠道菌群丰富度较低。在孵化后前一周，对照组的雏鸡肠道菌群主要被厚壁菌门（Firmicutes）占据，而母鸡接触组的雏鸡肠道菌群中拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形杆菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）也有一定的丰度。Beta分析显示3组母鸡接触组的雏鸡肠道菌群样本距离更接近，且每组雏鸡样本与各自的母源样本汇聚到一起。SourceTracker分析显示母鸡的羽毛和粪便菌群都是雏鸡肠道菌群的主要来源，口腔菌群并不是主要来源。 H9N2禽流感病毒感染后第5天对照组雏鸡肛拭子病毒滴度高于接触组，且咽拭子病毒滴度检测阳性持续时间更长。肠道菌群的多样性和丰富度持续下降，肠道菌群中厚壁菌门（Firmicutes）显著减少（P＜0.05），变形杆菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）显著增加（P＜0.05），说明病毒造成肠道菌群紊乱。对照组的雏鸡出现肠道菌群紊乱的时间更早且波动更大，在攻毒后第3天即出现肠道菌群失调，而母鸡接触组在第五天才出现较大幅度的菌群紊乱。 总之，根据我们的实验结果，母鸡可以向雏鸡提供菌群来源，让雏鸡在生命早期就接收母亲平衡和多样的微生物群。在面对H9N2禽流感病毒感染时，与母鸡接触饲养的雏鸡有更好的抵抗力和更稳定的肠道菌群。
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