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肺神经内分泌肿瘤差异表达基因的生物信息学分析及临床意义

马思杨

肺神经内分泌肿瘤差异表达基因的生物信息学分析及临床意义

马思杨1
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作者信息

  • 1. 吉林大学
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摘要

目的 通过综合生物信息学分析,鉴定并分析肺神经内分泌瘤(L-NETs)及肺神经内分泌癌(L-NECs)对比正常肺组织的差异表达基因(DEGs),进一步挖掘与其发生发展及预后相关的潜在生物学靶点。 方法 从GEO数据库下载GSE1037数据集,通过GEO2R在线分析工具及韦恩图软件鉴定并绘制L-NETs及L-NECs对比正常肺组织的DEGs,利用R语言对DEGs进行GO和KEGG分析,再通过STRING数据库及Cytoscape构建并可视化PPI网络。分别利用MCODE插件和cytoHubba插件进行关键功能模块及Hub基因筛选,再使用Kaplan-MeierPlotter数据库对筛选出的Hub基因进行生存预后分析。 结果 经分析,L-NECs组共筛选出89个共同DEGs,包括上调基因31个,下调基因58个。其中,上调DEGs主要富集在细胞分裂、染色体分离、染色体结构和泛素相关酶活性等功能及细胞分裂、细胞周期、DNA复制和错配修复等生物学途径中;下调DEGs主要富集在组织重塑、膜相关生物学发生、儿茶酚类化合物代谢、膜结构、细胞顶端部分、有机酸结合、肽酶调节活性等功能及药物代谢-细胞色素P450及酪氨酸代谢等生物学途径中。共筛选出10个Hub基因,均为上调基因,生存分析证明这些基因的高表达组的OS明显短于低表达组。 L-NETs组共筛选出273个共同DEGs,包括上调基因99个,下调基因174个。其中,上调DEGs主要富集在突触生物学发生、突触传递调节、囊泡、GTP酶活性等功能及神经活性配体-受体相互作用等生物学途径中;下调DEGs主要富集在白细胞粘附、炎症反应调节、免疫反应调节、含胶原的细胞外基质、膜结构、细胞顶端部分、肽酶调节活性、细胞外基质结构成分等功能及细胞粘附分子等生物学途径中。共筛选出3个Hub基因,均为下调基因,生存分析证明这些基因的低表达组的OS明显短于高表达组。 结论 1.与正常组织相比,L-NECs组鉴定出的TOP10Hub基因,分别为TPX2、AURKA、NUF2、TTK、TOP2A、UBE2C、EZH2、CENPU、RFC4和CDCA8;经生存分析验证后,确定此10个基因可能与L-NECs发生发展有关,有望成为L-NECs诊断、治疗与预后评估的生物标志物。 2.与正常组织相比,L-NETs组鉴定出的TOP10Hub基因,经生存分析验证后,确定PTPRC、VWF和CASP1此3个基因可能与L-NETs发生发展有关,可能是L-NETs诊断、治疗与预后评估的潜在标靶。

关键词

肺神经内分泌肿瘤/差异表达基因/富集分析/生存分析/Hub基因/预后评估

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授予学位

硕士

学科专业

临床医学(肿瘤学)

导师

董丽华

学位年度

2022

学位授予单位

吉林大学

语种

中文

中图分类号

R73
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