摘要
目的： 构建和分析冠心病患者外周血单核细胞中环状RNA组成的竞争性内源RNA网络。 方法： 从GEO数据集GSE115733、GSE105449、GSE166780中分别识别差异表达的circRNA、miRNA、mRNA。基于miRanda软件和targetscan软件分别预测circRNA-miRNA互作关系和miRNA-mRNA互作关系。根据ceRNA假说，选择mRNA-up/miRNA-down/circRNA-up及mRNA-down/miRNA-up/circRNA-down的三联关系，使用cytoscape软件绘制网络图。对互作网络中的mRNA进行GO功能分析、KEGG通路分析，最后借助STRING数据库和cytoscape软件蛋白质互作分析，寻找其中的枢纽基因。 结果： 从GSE115733中按照P-value＜0.05筛选出13591个差异表达的circRNA，其中6011个高表达，7580个低表达。总共有12888个不同的circRNA-miRNA-mRNA互作关系被预测出来，包含61种circRNA、25种miRNA、872种mRNA。选取其中6个差异倍数绝对值最大的circRNA及其对应的11个miRNA、95个|logFC≥5|mRNA用作绘图展示。以ceRNA网络中的mRNA构建的完整蛋白质互作网络包含449个基因节点和736条互作关系。最后筛选出的枢纽基因为TNF、CCL20、CXCL2、CCL2、IL1A、CCL5、CSF3、CCL3L3、MAPK3、MAPK1、RAC1、MAP2K1。 结论： 本研究挖掘了冠心病患者外周血单核细胞中新颖的circRNA-miRNA-mRNA互作网络。该网络中的circRNA包括hsa_circ_0069996、hsa_circ_0053283、hsa_circ_0067734等61种，miRNA包括hsa-miR-142-3p、hsa-miR-376c-5p、hsa-miR-376a-3p等25种，mRNA包括CSF3、TNF、CCL20等872种。这些互作关系中，hsa_circ_0069094/hsa-miR-200a-3p/CSF3调控轴可能在单核细胞介导的动脉粥样硬化过程中具有较重要的意义。
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