摘要
犏牛作为牛属动物牦牛与良种肉牛杂交产生的后代（F1代），表现出优于亲本的杂种优势，是牦牛遗传改良的重要方向之一。本研究追踪测定了30头安格斯牛（♂）×牦牛（♀）杂交F1代公牛犊（以下简称安犏牛）和30头牦牛公牛犊初生、3月龄和6月龄的生长性能指标，开展生长发育评测。选择6月龄安犏牛和牦牛各三头采集其背最长肌组织，利用全转录组测序技术系统地分析了安犏牛和牦牛背最长肌组织中mRNA、lncRNA和cirRNA的差异表达谱，利用生物信息分析软件构建了内源性竞争结合RNA调控网络，以期筛选参与肌肉生长发育的关键基因，挖掘犏牛和牦牛背最长肌组织中的差异表达基因，为骨骼肌功能分子机制研究提供重要的参考信息。研究内容和主要结果如下： 1.跟踪测定了安犏牛和牦牛初生、3月龄和6月龄的生长性能指标，结果表明安犏牛各个年龄阶段的生产性能均极显著优于牦牛(P＜0.001)。初生时安犏牛体重、体长、体高和胸围分别比牦牛提高了22.60%、17.62%、11.06%和8.92%。3月龄安犏牛的体重、体长、体高和胸围分别比牦牛提高了28.35%、15.39%、15.01%和15.12%，6月龄安犏牛的体重、体长、体高和胸围分别比牦牛提高了11.50%、9.09%、7.37%和7.04%。 2.通过转录组测序分析安犏牛和牦牛背最长肌组织中的差异表达mRNA，共鉴定出7,126个差异表达基因。其中3,563个表达上调基因，3,563个表达下调基因。共有6,902个差异表达基因在安犏牛和牦牛背最长肌组织中共表达，119个差异表达基因仅在安犏牛背最长肌中特异性表达，而其余105个差异表达基因仅在牦牛背最长肌组织中特异表达。对上述筛选出的差异表达基因进行功能注释，发现许多GO条目和KEGG通路与成骨细胞和脂肪细胞增殖、对细胞缺氧反应的调控及能量代谢有关。 3.通过生物信息学和表达水平分析，共鉴定出791个具有显著差异表达的lncRNAs和1,057个具有显著差异表达的circRNAs。其中455个lncRNAs和353个circRNAs表达上调，336个lncRNAs和704个circRNAs表达下调。共有742个DELs和273个DECs在安犏牛和牦牛背最长肌组织中共表达，41个DELs和232个DECs仅在安犏牛背最长肌中特异性表达，而其余8个DELs和552个DECs仅在牦牛背最长肌组织中特异表达。对上述筛选出的lncRNAs宿主基因和circRNAs邻近基因进行功能注释，发现许多GO条目和KEGG通路与氨基酸代谢、蛋白质和能量代谢、维生素消化有关。 4.通过构建ceRNA调控网络，筛选到11个DEGs、6个DELs和8个DECs，这些RNA与肌肉组织生长发育相关，可作为关键性候选mRNA和ncRNA。
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