摘要
黑鲤鱼（Cyprinus carpiovar.baisenensis）亚种是广西养殖鲤鱼的关键品系之一。它的颜色反映了与人和周围环境的相互作用，此外，黑鲤鱼已经在稻鱼一体化系统中分离培养。为了探索其遗传多样性及种质资源的保护，我们通过与其他4个本地鲤鱼种群比较，分析了线粒体基因组序列，例如 D-loop、Cytb 以及单核苷酸的多态性。结果发现表明Cytb和D环基因的单倍型和核苷酸多样性分别为0.065±0.06,（HJ） 0.867±0.11和0.844±0.014和0.009±0.0002。所有种群的单倍型和核苷酸多样性最低的是黑鲤鱼，这表明其遗传分化及重组率较低且种群规模较小。单倍型2是在种群中观察到的分布最广的单倍型。我们找到了特异性的单倍型，且在观察到的所有单倍型中占据主导地位。通过分析它们的遗传分化系数(Fst)，发现 5 个普通鲤鱼群体的遗传差异很大(Plt;0.001)，SJ和H之间的遗传差异最高(Fst=0.963)，而Cytb基因序列的遗传差异最低的是S和HJ(Fst=0.019)，对于D-loop来说HJ和S(Fst=0.7)最高，H和HJ为最低（Fst=0.125）。分子变异分析（AMOVA）显示，Cytb和D-loop基因的变异较高，分别为 70.09％和 55.04％，这表明在所研究的本地普通鲤鱼中基因流动较低。 基于基因组重测序的方法，本文通过与松浦镜鲤和黄河鲤相比较来研究全基因组水平上黑鲤的遗传多样性情况，经筛选共获得 26, 439, 902 个 SNP, 其中，杂合型SNP比为40.95％，外显子区由于缺失引起的移码突变的SNP的平均数量为6230，而外显子区由于插入引起的移码突变的 SNP的平均数量为 5364。通过比较基因组的结果显示，松浦镜鲤，黄河鲤鱼的识别基因座和 SNPS 频率 P lt;1e-06 之间存在显着差异，此外，黑鲤鱼表现出较高的Tajima‘D值，这可能归因于其种群数量以及整个基因组内发生的突变。对于π，黑鲤的平均值为 1.706e-04，其他 2 种鲤鱼的平均数为1.691e-04，没有显著的差异。3个群体间的观察杂合度存在显著差异，其中黑鲤的观察杂合度最高，而期望杂合度松浦镜鲤与黄河鲤新品系和黑鲤之间存在显着差异。经过 PCA 检验发现，黄河鲤新品系和黑鲤群体各自聚为一类，纯合性较好，而松浦镜鲤比较分散。这些结果提示黑鲤具有较高的遗传多样性，纯合度较高，这些研究结果对黑鲤鱼遗传多样性和遗传结构的评估对于渔业管理以及预先保护极度濒危的鱼类是至关重要的作用。
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