摘要
鼠科多为小型的植食性动物，隶属哺乳动物纲啮齿目。在全球共有860多个物种,占据啮齿目的32.6％,是地理分布最广泛，属、种和生态适应性多样的啮齿类动物，是生物地理学研究和了解环境变化的最佳物种之一，它们的系统发育关系将有助于更好地了解环境变化。线粒体基因组的完整序列由于其稳定的结构、母系遗传、快速进化和大量拷贝而被广泛用于生物系统发育、种群遗传分化的研究。本研究利用Illumina测序技术对黑线姬鼠长江亚种(Apodemusagrariusningpoensis)和中华姬鼠指名亚种(Apodemusdracodraco)的线粒体基因组进行了测序，并利用ML和BI树对鼠科(Muridae)的线粒体基因组进行了系统发育研究。为研究中国大别山区域的鼠科物种特征以及基因多样性，采集了鼠科动物样本，并对其线粒体COI基因的遗传多样性进行了研究，以全面介绍中国大别山地区鼠科物种的情况。主要研究结果如下: 1.黑线姬鼠长江亚种与中华姬鼠指名亚种的线粒体基因组序列全长为16262bp、16222bp。基因组包括13个蛋白编码基因，22个tRNA基因，2个rRNA基因以及一部分非编码区。碱基组成上表现出显著的A-T偏好性。除tRNASer和tRNALys两个基因之外，其它的20个tRNA基因都可以产生三叶草形结构。蛋白质编码基因的终止密码子为T—或TAA。 2.系统发育分析表明，鼠科有两个主要分支。黑线姬鼠长江亚种与高山姬鼠(Apodemuschevrieri)构成姐妹种，中华姬鼠指名亚种与大耳姬鼠(Apodemuslatronum）构成姐妹种，姬鼠属的单系性得到了很好的证明。 3.大别山地区黑线姬鼠(Apodemusagrarius)、中华姬鼠(Apodemusdraco)、大足鼠(Rattusnitidus)和北社鼠(Niviventerconfucianus)的线粒体COI基因序列变异类型丰富。序列表现出较高的单倍型多样性和低核苷酸多样性特征，中性检验结果小于0且差异未达到显著水平，碱基错配呈现单峰型分布，表明鼠科种群处于瓶颈效应后的种群扩张期。
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