摘要
我国是生猪生产与猪肉消费第一大国，随着生活水平的提升和猪肉消费转型，必然会对猪肉品质改良和新品种培育提出更高要求。楚香黑猪是由华中农业大学与湖北金旭农业发展股份有限公司合作，通过将中国地方猪和瘦肉型猪杂交选育而成的黑猪新品种，以其独特的口感和出色的肉质深受消费者喜爱。然而截至目前，关于楚香黑猪种质特性的研究鲜有报道。因此本研究，旨在利用楚香黑猪与商用品种杜洛克、汉普夏、约克夏的遗传信息，通过主成分分析、系统发育进化分析、群体遗传结构分析等方法，探明楚香黑猪与其余三个品种之间的群体遗传结构差异及遗传进化关系。在此基础上，利用楚香黑猪的受选择区域对楚香黑猪脂肪及肌肉组织的调控元件区域进行筛选，并鉴定调控楚香黑猪独特性状的候选基因。候选基因GO富集分析结果显示:候选基因主要富集在与肌肉和脂肪组织发育相关的通路，如胰岛素受体信号通路、甘油酯代谢过程等。综上所述，本研究揭示了楚香黑猪独特的遗传特征以及调控其遗传特征的候选基因，为楚香黑猪的遗传改良、种质保护等工作提供重要参考价值。以下为本研究的主要结果: (1)利用18头楚香黑猪的全基因组重测序数据。对原始重测序数据进行质控处理后，得到高质量的SNP变异位点17216852个，并对这些SNP位点进行注释。 (2)通过对采集的18头楚香黑猪的全基因组重测序数据与杜洛克、汉普夏及约克夏的全基因组重测序数据进行主成分分析，结果显示:楚香黑猪与其他三个品种各自聚为一类且彼此独立，从主成分分析角度印证了楚香黑猪与其祖系品种及其他引进品种的品种差异性。 (3)楚香黑猪、杜洛克、汉普夏、约克夏四个品种的全基因组重测序数据所进行的系统发育进化分析结果显示，楚香黑猪各个样品的进化枝区别于其他品种的树节点，独自归属于一个新的树节点，在进化枝距离角度上证明楚香黑猪与其他品种的差异，体现了楚香黑猪的品种特异性。 (4)楚香黑猪、杜洛克、汉普夏、约克夏四个品种的群体遗传结构分析结果显示，在预估祖先成分为3、4、5、6的情况下楚香黑猪的成分构成与其余三个品种均不同，在群体遗传结构角度上证明了楚香黑猪的品种特异性。 (5)根据楚香黑猪与杜洛克、楚香黑猪与汉普夏、楚香黑猪与约克夏的群体间选择信号分析结果中所获得的前1％受选择区域对楚香黑猪肌肉及脂肪调控元件区域进行筛选，包括启动子区域及增强子区域，获得了一批具有较大调控潜能的调控元件。 (6)根据受选择区域筛选后所获得的调控元件区域，筛选与调控楚香黑猪独特性状相关的候选基因，主要包括IL33、CEBPA、JAK2、INSR、WWOX、PIK3R1等基因。
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