脱毛，可省去剪毛的繁琐操作，方便生产，是现代规模化肉羊育种的一个重要选育方向。脱毛性状是由毛囊的周期性生长发育导致的，目前对于其分子调控机制的研究尚少。本研究以杜泊成年母羊作为试验研究对象，采集脱毛组（S组，shedding）5只和不脱毛组（N组，non-shedding）3只，分别在2019年9月、2020年1月、3月对杜泊羊体侧中部的皮肤组织进行采样,使用转录组测序技术及WGCNA分析、差异表达转录本分析、可变剪接事件分析、富集功能分析等分析方法，筛选影响绵羊毛囊循环过程的差异表达转录本及相关可变剪接事件，并对影响转录本表达量的SNP进行筛选，最终进行qRT-PCR的验证。结果如下: 1.通过WGCNA方法对两组24个样本的转录本表达量进行分析，使用动态剪枝法对模块进行划分，设置0.25为MEDissThres切割线合并相似模块，最终得到8个模块。其中，MEpink（p=1e-05）、MEgreen（p=0.004）和 MEturquoise（p=8e-12）三个模块与 KRTs 表达模式呈极显著相关，确定MEpink、MEgreen和MEturquoise为影响毛囊发育的关键模块。 2.通过对三个关键模块中转录本的表达模式分析，确定两种表达模式:A（Anagen,在生长期高表达）模式与T（Telogen,在休止期高表达）模式。筛选到A模式的转录本1439个、T模式的转录本57个，其中差异转录本为401个，MEpink和MEturquoise模块有382个A模式差异转录本，MEgreen模块有19个T模式差异转录本。 3.对三个关键模块中的相关基因进行功能富集分析，并逐条分析通路中转录本表达模式，发现Wnt、Hippo、MAPK、P13K-AKT、RAS、TGF-BETA等17条信号通路对毛囊生长发育起关键作用，并构建毛囊相关通路调控网络图和蛋白互作网络。其中，筛选出CTNNB1基因可能与绵羊脱毛性状有比较重要的作用。 4.通过|MM|值和cytoHubba中 MCC算法筛选出16个枢纽基因:NDUFA4、NDUFB9、NDUFS8、UQCRQ、NDUFB5、UQCRC2、ATP5J2、ATP5H、NDUFA12、NDUFA5、NDUFS1、COX5B、CYC1、UQCRB、NDUF43、COX6A1。 5. 为鉴定可变剪接事件对毛囊发育阶段的影响，进一步对具有清晰毛囊周期性发育的S组的三个阶段，利用rMATS软件进行可变剪接事件（AS）的差异分析，发现S1vsS2、S1vsS3和S2 vs S3三个比较组共有3448个差异AS事件，三个比较组分别鉴定出1646、776和1026个差异AS事件。对上述获得的差异AS事件进行转录本表达量的分析，三个比较组分别鉴定到差异转录本8843、3936和5129个。结合A、T模式分析，筛选出40个A模式差异转录本和7个T模式差异转录本，并结合筛选得到的17条毛囊发育相关通路及蛋白互作网络分析筛选出CTNNB1（XM_015102080.2）可能是在毛囊生长期发挥重要作用的转录本。 6.对原始数据进行SNP/Indel分析，获得3.14G数据，共12,001,343条SNP/Indel位点信息。杜泊羊S组与N组毛囊发育的最大差异在于休止期阶段的有无，针对摘要中第2条19个T模式差异转录本进行SNP位点的筛选，筛选出S组与N组有差异的12个SNP突变位点，位于MLXIP、GAS7、SYVE3三个基因上。 7.采用实时荧光定量PCR技术定量检测13个差异基因转录本的表达水平，结果显示qRT-PCR定量水平与转录组测序结果的变化趋势基本一致。 本试验通过WGCNA、可变剪接事件的鉴定、影响转录本表达量的SNP筛选等方法，鉴定绵羊毛囊周期性发育相关的候选基因，有助于解析绵羊脱毛性状相关的分子调控机制，并为将来培育春季自动脱毛的肉羊新品种奠定分子遗传理论基础。
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